270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_2949 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
502 aa  991    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.54 
 
 
789 aa  308  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.62 
 
 
484 aa  294  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  35.01 
 
 
522 aa  263  4.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.36 
 
 
527 aa  257  4e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.48 
 
 
484 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.39 
 
 
503 aa  254  3e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.64 
 
 
490 aa  243  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  33.02 
 
 
515 aa  243  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.18 
 
 
507 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.55 
 
 
515 aa  240  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  32.55 
 
 
515 aa  240  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.33 
 
 
495 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.05 
 
 
530 aa  239  6.999999999999999e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.19 
 
 
495 aa  239  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.29 
 
 
534 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.88 
 
 
551 aa  236  6e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.6 
 
 
554 aa  236  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.41 
 
 
488 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.07 
 
 
488 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.48 
 
 
511 aa  233  5e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.99 
 
 
508 aa  226  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.63 
 
 
505 aa  226  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.95 
 
 
530 aa  226  9e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  30.21 
 
 
967 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.74 
 
 
515 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.66 
 
 
529 aa  220  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.08 
 
 
494 aa  220  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.36 
 
 
511 aa  218  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  31.29 
 
 
961 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.86 
 
 
484 aa  211  3e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.31 
 
 
544 aa  210  6e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
475 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.02 
 
 
490 aa  199  9e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  32.52 
 
 
963 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.87 
 
 
958 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.57 
 
 
529 aa  194  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.32 
 
 
462 aa  182  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.91 
 
 
491 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.32 
 
 
486 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.64 
 
 
517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
477 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.4 
 
 
466 aa  170  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.1 
 
 
489 aa  168  2.9999999999999998e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.55 
 
 
479 aa  165  1.0000000000000001e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.83 
 
 
486 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  26.36 
 
 
543 aa  163  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.07 
 
 
489 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.25 
 
 
510 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.93 
 
 
483 aa  159  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  25.27 
 
 
548 aa  158  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.24 
 
 
492 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  29.05 
 
 
453 aa  157  6e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.62 
 
 
552 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 
529 aa  156  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  26.25 
 
 
548 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.9 
 
 
567 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.45 
 
 
538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.64 
 
 
484 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.39 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.87 
 
 
483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.41 
 
 
550 aa  154  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
497 aa  154  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.37 
 
 
479 aa  153  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  28.9 
 
 
552 aa  153  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.31 
 
 
484 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  26.02 
 
 
548 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.31 
 
 
484 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.31 
 
 
484 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.04 
 
 
492 aa  152  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.58 
 
 
573 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.67 
 
 
480 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 
546 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.59 
 
 
458 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.07 
 
 
486 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.91 
 
 
470 aa  147  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 
480 aa  146  7.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.42 
 
 
486 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.73 
 
 
560 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.59 
 
 
474 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.43 
 
 
548 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 
574 aa  144  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.99 
 
 
552 aa  143  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.78 
 
 
547 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.58 
 
 
541 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.65 
 
 
611 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
551 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.43 
 
 
536 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  29.75 
 
 
502 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  27.57 
 
 
577 aa  139  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  23.33 
 
 
507 aa  139  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  21.94 
 
 
461 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.24 
 
 
550 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 
549 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 
549 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.22 
 
 
470 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.67 
 
 
517 aa  137  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  25.21 
 
 
533 aa  136  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.06 
 
 
484 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  22.66 
 
 
461 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>