More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0562 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  609  1e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 307 aa  244  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 304 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 304 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 322 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  48.07 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  46.03 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 324 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  47.72 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.56 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.79 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.36 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.28 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 301 aa  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 298 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 399 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.84 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>