73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3010 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0959  ATPase  92.53 
 
 		 566 aa  1011    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  76.79 
 
 		 511 aa  761    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  100 
 
 		 563 aa  1125    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  92.7 
 
 		 566 aa  1013    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  69.86 
 
 		 515 aa  708    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  70.83 
 
 		 511 aa  705    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  75.2 
 
 		 517 aa  731    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  28.31 
 
 		 376 aa  95.9  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  27.77 
 
 		 373 aa  93.6  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  27.77 
 
 		 373 aa  93.2  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.25 
 
 		 375 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  29.01 
 
 		 365 aa  91.3  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  27.42 
 
 		 363 aa  90.5  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  28.29 
 
 		 368 aa  90.1  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.03 
 
 		 375 aa  90.1  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  27.31 
 
 		 373 aa  89.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  28.89 
 
 		 375 aa  88.6  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.86 
 
 		 375 aa  88.6  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  28.44 
 
 		 367 aa  87  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  28.36 
 
 		 365 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.9 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  27.31 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  29.15 
 
 		 373 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  28.06 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  28.92 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.99 
 
 		 365 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28.48 
 
 		 372 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  30.24 
 
 		 363 aa  83.2  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.05 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  25.83 
 
 		 369 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  30.31 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  31.36 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  25.95 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  25.87 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.01 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.23 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  28 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  25.15 
 
 		 731 aa  66.6  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  26.29 
 
 		 659 aa  64.7  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  25.1 
 
 		 678 aa  57.4  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  28.69 
 
 		 483 aa  57.8  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  24.73 
 
 		 653 aa  55.8  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  27.16 
 
 		 1123 aa  54.3  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  24.95 
 
 		 486 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.45 
 
 		 1098 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  26.5 
 
 		 448 aa  51.6  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  25.1 
 
 		 754 aa  51.2  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.48 
 
 		 825 aa  51.2  0.00005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  25.85 
 
 		 471 aa  50.8  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.2 
 
 		 1100 aa  50.4  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  29.86 
 
 		 776 aa  49.7  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  26.06 
 
 		 486 aa  49.7  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  26.49 
 
 		 491 aa  49.7  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.8 
 
 		 1098 aa  47.8  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  31.54 
 
 		 745 aa  47.8  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  22.36 
 
 		 743 aa  47  0.0009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  27.66 
 
 		 496 aa  46.6  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.08 
 
 		 744 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  27.27 
 
 		 481 aa  46.6  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  25.16 
 
 		 778 aa  45.8  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  26.59 
 
 		 976 aa  46.2  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  26.59 
 
 		 976 aa  46.2  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  44.78 
 
 		 816 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  27.74 
 
 		 739 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  36.27 
 
 		 719 aa  45.1  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  36 
 
 		 726 aa  45.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  27.38 
 
 		 750 aa  44.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  25.24 
 
 		 1100 aa  44.3  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  36.36 
 
 		 778 aa  44.3  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1191  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  25.69 
 
 		 577 aa  44.3  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.21153 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  22.11 
 
 		 754 aa  43.9  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  24.89 
 
 		 1160 aa  43.9  0.007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  27.38 
 
 		 982 aa  43.5  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>