More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1821 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  100 
 
 		 185 aa  360  5.0000000000000005e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  43.6 
 
 		 156 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  44.05 
 
 		 156 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  41.04 
 
 		 172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  38.33 
 
 		 169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  39.05 
 
 		 163 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  41.88 
 
 		 171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  41.88 
 
 		 171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  43.4 
 
 		 154 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  43.45 
 
 		 157 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  43.45 
 
 		 155 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  38.8 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  42.26 
 
 		 157 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  38.98 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  41.88 
 
 		 197 aa  104  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  41.51 
 
 		 155 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  37.78 
 
 		 160 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  37.22 
 
 		 160 aa  101  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 169 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  39.63 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  41.61 
 
 		 160 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  41.98 
 
 		 168 aa  99.8  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  37.43 
 
 		 160 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  40.24 
 
 		 161 aa  99  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  39.2 
 
 		 165 aa  98.6  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  38.37 
 
 		 160 aa  99  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  41.36 
 
 		 171 aa  98.2  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  41.36 
 
 		 171 aa  98.2  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  35.75 
 
 		 160 aa  98.2  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  39.33 
 
 		 167 aa  97.1  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  35.85 
 
 		 154 aa  95.9  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  40 
 
 		 159 aa  94  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  41.06 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  37.01 
 
 		 160 aa  92  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  37.71 
 
 		 183 aa  90.9  9e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  39.35 
 
 		 153 aa  90.5  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  38.46 
 
 		 166 aa  88.6  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  37.58 
 
 		 149 aa  88.2  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  40.12 
 
 		 165 aa  87.8  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  45.05 
 
 		 151 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  35.37 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  36.46 
 
 		 141 aa  67.4  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  35.35 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  37 
 
 		 156 aa  65.5  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  29.55 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  39.78 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  36.46 
 
 		 148 aa  63.5  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  35.33 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  30.39 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  33.99 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  32.5 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 163 aa  62  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  42.39 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  34.38 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  30.48 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  32.26 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  41.05 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  41.05 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  35.4 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  41.05 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  37.37 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  36.08 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  32.68 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  32.68 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  32.68 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  41.05 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  41.05 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1654  N utilization substance protein B  43.08 
 
 		 198 aa  57.8  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00612472  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  32.67 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  36.67 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  37.36 
 
 		 144 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  32.69 
 
 		 163 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  57.8  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  31.58 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  32.05 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 145 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  36.67 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  29.22 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  36.59 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0291  hypothetical protein  23.93 
 
 		 148 aa  56.2  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1844  transcription antitermination protein NusB  41 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  28.89 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  39.13 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1904  transcription antitermination protein NusB  41.41 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0379  NusB antitermination factor  39.56 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.442506  normal  0.110028 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  27.63 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>