224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2484 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 293 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  91.13 
 
 		 293 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  68.32 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  45.91 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  45.38 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  45.56 
 
 		 285 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  40.07 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  40.77 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  38.58 
 
 		 276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  32.51 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  29.93 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  32.19 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  32.38 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  32.97 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  29.01 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.98 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  29.29 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  27.89 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.22 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.19 
 
 		 267 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  24.22 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  28.21 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  27.3 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.62 
 
 		 266 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  29.66 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.22 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 265 aa  57  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  26.24 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  24.24 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 272 aa  54.7  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  26.2 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.44 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 261 aa  52.8  0.000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.12 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  21.01 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  24.87 
 
 		 246 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  29.65 
 
 		 267 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  27.66 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  20.29 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.15 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.4 
 
 		 274 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  24.45 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  28.39 
 
 		 714 aa  50.8  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0820  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  21.94 
 
 		 263 aa  50.4  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 280 aa  50.4  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.2 
 
 		 490 aa  50.4  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 280 aa  49.7  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  25.19 
 
 		 266 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.91 
 
 		 258 aa  49.7  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  23.57 
 
 		 278 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2578  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 267 aa  49.7  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0925  extracellular solute-binding protein family 3  26.96 
 
 		 281 aa  49.7  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.796106 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  23.9 
 
 		 268 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 280 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 283 aa  49.3  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  24.1 
 
 		 258 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 260 aa  49.3  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  21.69 
 
 		 253 aa  48.9  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 276 aa  48.9  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>