92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2232 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2232  RDD domain containing protein  100 
 
 		 174 aa  335  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.309406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1909  RDD domain containing protein  93.84 
 
 		 146 aa  270  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159794  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2081  hypothetical protein  81.48 
 
 		 176 aa  261  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0907  RDD domain-containing protein  46.24 
 
 		 181 aa  147  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0943  RDD  51.19 
 
 		 182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2897  RDD domain-containing protein  46.51 
 
 		 186 aa  132  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.01858 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1324  RDD domain containing protein  45.35 
 
 		 174 aa  128  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3235  putative transmembrane protein  46.39 
 
 		 173 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0624829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2026  RDD domain-containing protein  44.13 
 
 		 177 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0591041  normal  0.303934 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1041  RDD family protein  44.94 
 
 		 170 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0802287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2292  RDD domain-containing protein  45.73 
 
 		 168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1658  RDD domain-containing protein  45.4 
 
 		 168 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2269  RDD domain-containing protein  45.4 
 
 		 168 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5596  RDD family protein  44.51 
 
 		 168 aa  108  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2313  hypothetical protein  46.26 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.819704  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4871  RDD domain-containing protein  44.17 
 
 		 181 aa  108  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.945558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2109  hypothetical protein  45.51 
 
 		 182 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2364  RDD domain containing protein  43.75 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1713  RDD domain-containing protein  44.9 
 
 		 166 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1765  RDD domain-containing protein  44.87 
 
 		 186 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1109  RDD family protein  45.7 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.851219  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0392  RDD family protein  45.7 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0757  RDD family protein  45.7 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1269  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1276  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1415  RDD family protein  45.03 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  41.51 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3116  RDD domain-containing protein  39.87 
 
 		 189 aa  101  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0215825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3318  RDD  41.51 
 
 		 160 aa  101  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2307  RDD domain-containing protein  44.16 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1741  RDD domain-containing protein  42.67 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1957  RDD domain containing protein  43.42 
 
 		 154 aa  97.8  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  42.78 
 
 		 184 aa  95.5  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1009  RDD domain-containing protein  42.86 
 
 		 146 aa  90.5  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2185  RDD domain-containing protein  42.18 
 
 		 146 aa  87.8  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0182682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3079  RDD  35.9 
 
 		 137 aa  85.5  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.714918  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1067  RDD domain-containing protein  38.51 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.172347  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0805  RDD domain containing protein  34.91 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.951313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2137  RDD domain containing protein  40.68 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1995  putative transmembrane protein  40 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  35.1 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0964  RDD domain-containing protein  35.96 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  38.76 
 
 		 165 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  36.43 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1375  SecF protein  25.97 
 
 		 157 aa  57.8  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.905726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  38.02 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  34.71 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  34.71 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2111  RDD domain containing protein  33.96 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  33.88 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  30.06 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0744  hypothetical protein  33.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2906  RDD domain-containing protein  33.64 
 
 		 169 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3003  RDD domain-containing protein  33.64 
 
 		 169 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0105822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2823  RDD domain-containing protein  32.71 
 
 		 169 aa  52  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.794501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0180  RDD domain-containing protein  31.67 
 
 		 217 aa  52  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000223601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0561  RDD domain-containing protein  35.14 
 
 		 181 aa  52  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106265  hitchhiker  0.00000244138 
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  32.26 
 
 		 166 aa  52  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  32.26 
 
 		 166 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1371  hypothetical protein  31.78 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0168  hypothetical protein  29.41 
 
 		 224 aa  48.9  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225097  hitchhiker  0.000787082 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2102  hypothetical protein  30.67 
 
 		 147 aa  48.9  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.987971  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3583  MJ0042 family finger-like protein  27.63 
 
 		 295 aa  49.3  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040814  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02664  RDD family, putative  31.21 
 
 		 140 aa  48.9  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0339  RDD domain-containing protein  28.72 
 
 		 220 aa  49.3  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257721  hitchhiker  0.00000000478275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  35.29 
 
 		 165 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1181  RDD domain-containing protein  32.98 
 
 		 169 aa  48.9  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.800713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1260  RDD domain containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014727  hitchhiker  0.000226735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3106  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0613937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3259  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00807306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3116  RDD domain-containing protein  31.78 
 
 		 169 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.181309  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  30.39 
 
 		 155 aa  47.4  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0876  hypothetical protein  32.52 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  30.56 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0398  RDD domain-containing protein  44.74 
 
 		 184 aa  47  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.173398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0913  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0871904  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11690  RDD domain-containing membrane protein  35.35 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270076  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1079  RDD domain-containing protein  27.2 
 
 		 174 aa  45.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0504563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002431  hypothetical protein  25.56 
 
 		 159 aa  45.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0643141  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  30.61 
 
 		 159 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1017  RDD domain-containing protein  27.2 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113212  normal  0.19318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3559  RDD domain-containing protein  28.97 
 
 		 168 aa  45.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0544262  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  29.75 
 
 		 154 aa  45.1  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0117  hypothetical protein  27.61 
 
 		 279 aa  44.7  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0942  RDD domain-containing protein  39.58 
 
 		 169 aa  44.7  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.565346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  28.21 
 
 		 163 aa  44.3  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0798  hypothetical protein  29.09 
 
 		 170 aa  44.3  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0101  RDD domain-containing protein  27.61 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2080  hypothetical protein  42.11 
 
 		 160 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000185398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0927  RDD domain-containing protein  37.5 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427432  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2608  RDD domain-containing protein  30.84 
 
 		 456 aa  40.8  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.107491 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1979  RDD domain containing protein  37.35 
 
 		 156 aa  40.8  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>