More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4566 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  90.07 
 
 		 433 aa  743    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  80.65 
 
 		 433 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  100 
 
 		 433 aa  856    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  90.51 
 
 		 433 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  55.05 
 
 		 441 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  60.06 
 
 		 442 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  50.75 
 
 		 439 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  48.38 
 
 		 437 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  48.09 
 
 		 440 aa  362  6e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  44.36 
 
 		 430 aa  353  5e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  46.34 
 
 		 444 aa  349  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  48.36 
 
 		 445 aa  349  6e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  48.11 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 444 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  46.1 
 
 		 429 aa  346  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  48.18 
 
 		 440 aa  343  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  48.66 
 
 		 442 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  47.43 
 
 		 434 aa  313  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  47.3 
 
 		 422 aa  313  4.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  45.98 
 
 		 454 aa  307  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  46.98 
 
 		 430 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  40.11 
 
 		 430 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.92 
 
 		 428 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  47.84 
 
 		 741 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  45.51 
 
 		 408 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  44.84 
 
 		 408 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  41.26 
 
 		 409 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.81 
 
 		 409 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  47.97 
 
 		 758 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  47.97 
 
 		 746 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.97 
 
 		 752 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.64 
 
 		 755 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  47.64 
 
 		 761 aa  190  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  47.64 
 
 		 749 aa  190  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.85 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 405 aa  188  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 406 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.3 
 
 		 746 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 408 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 337 aa  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 337 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 340 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 339 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.74 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.07 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.17 
 
 		 852 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 330 aa  123  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.21 
 
 		 656 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 333 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 320 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  28.26 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  32.17 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 315 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  31.45 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 328 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.1 
 
 		 330 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 332 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 328 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.8 
 
 		 323 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 		 331 aa  112  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 318 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  30.66 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 342 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  29.85 
 
 		 838 aa  110  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 328 aa  110  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 317 aa  110  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 340 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0078  branched-chain amino acid ABC transporter permease protein  30.56 
 
 		 374 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.17119  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 332 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>