More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0104 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  88.49 
 
 
306 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.03 
 
 
302 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.87 
 
 
307 aa  359  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.67 
 
 
301 aa  348  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
292 aa  335  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
279 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
279 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
281 aa  271  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.91 
 
 
332 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
279 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.53 
 
 
344 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  45.65 
 
 
335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  48.53 
 
 
279 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.75 
 
 
297 aa  256  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.7 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.83 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.16 
 
 
283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  49.43 
 
 
327 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.49 
 
 
283 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
281 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  51.23 
 
 
274 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.82 
 
 
276 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
276 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
276 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.91 
 
 
323 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
276 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  47.81 
 
 
276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.81 
 
 
276 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
279 aa  231  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
291 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
280 aa  229  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.19 
 
 
279 aa  229  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.99 
 
 
279 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  47.9 
 
 
288 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  47.55 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
299 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  43.91 
 
 
276 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.13 
 
 
300 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
300 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.61 
 
 
288 aa  203  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
280 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
258 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  46.36 
 
 
300 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
303 aa  202  7e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.04 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
494 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
485 aa  198  9e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.47 
 
 
479 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
496 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
280 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
287 aa  195  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
285 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
296 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.91 
 
 
294 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
295 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
495 aa  192  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.88 
 
 
284 aa  192  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
284 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
300 aa  193  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.28 
 
 
313 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.64 
 
 
473 aa  192  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
344 aa  192  6e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
359 aa  192  7e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  46.31 
 
 
256 aa  192  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
301 aa  192  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.74 
 
 
282 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 
542 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
277 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
300 aa  190  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
313 aa  191  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  37.33 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.51 
 
 
308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
497 aa  189  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
285 aa  189  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.36 
 
 
325 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
342 aa  188  9e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
312 aa  188  9e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
343 aa  188  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
284 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
304 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
304 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
293 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
300 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 
285 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
311 aa  186  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.56 
 
 
304 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  40.56 
 
 
304 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
304 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.54 
 
 
300 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
307 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
300 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
274 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
301 aa  186  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
300 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>