95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5732 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  100 
 
 		 302 aa  606  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  38.19 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  35.04 
 
 		 259 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  37.2 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  35.59 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  35.59 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  36.44 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  32.95 
 
 		 198 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 		 258 aa  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  28.8 
 
 		 260 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  29.96 
 
 		 259 aa  98.2  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  29.63 
 
 		 260 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  29.48 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  29.53 
 
 		 377 aa  94.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  27.68 
 
 		 228 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  28.74 
 
 		 255 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  27.6 
 
 		 271 aa  89.7  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  28.98 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  28.98 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  29.8 
 
 		 256 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  29.75 
 
 		 281 aa  85.5  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  28.2 
 
 		 265 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  27.42 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  26.27 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  29 
 
 		 202 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  26.05 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  27.24 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  29.25 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  28.33 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  28.74 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  27.82 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  26.7 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  26.7 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  27.31 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  27.69 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  26.64 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  27.35 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  28.63 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  26.29 
 
 		 265 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  26.07 
 
 		 265 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.69 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  28.37 
 
 		 275 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  27.11 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  25.91 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  26.36 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  28.44 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.7 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  25.29 
 
 		 267 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  25.13 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  25.13 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3799  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, innermembrane subunit  27.78 
 
 		 276 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1848  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1986  polysaccharide ABC transporter, permease protein, putative  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3160  ABC-2 type transport system integral membrane protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0927  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2757  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.011333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3100  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3137  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  28.34 
 
 		 277 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.431883  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1473  ABC-2 type transport system integral membrane protein  29.34 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.851952  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  21.9 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  22.75 
 
 		 264 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  22.98 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  23.74 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  24.39 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05410  ABC transporter  24.15 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  24.05 
 
 		 274 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1681  ABC-2 type transporter  27.05 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.103356 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4137  ABC-2 type transporter  34.92 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000402525 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  24.14 
 
 		 276 aa  46.2  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  24.1 
 
 		 265 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3924  ABC-2 type transporter  31.15 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.415851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4589  ABC-2 type transporter  25.51 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.228945  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1126  ABC transporter permease protein  30.26 
 
 		 277 aa  45.1  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2182  ABC polysaccharide/polyol phosphate export systems, inner membrane subunit  38.18 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.718271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1076  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  32.79 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.552725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0544  ABC-2 type transporter  31.25 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.466883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3980  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, inner membrane subunit  34.92 
 
 		 298 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.693027 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1227  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  31.75 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07235  ABC transporter, permease protein  24.64 
 
 		 253 aa  44.3  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  22.88 
 
 		 283 aa  43.5  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3461  ABC-2 type transporter permease protein  25 
 
 		 271 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273257  normal  0.0897342 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  22.89 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2397  hypothetical protein  28.42 
 
 		 273 aa  43.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0564424  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>