189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2490 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2490  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 326 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2328  putative citrate lyase beta subunit  90.49 
 
 		 326 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1830  HpcH/HpaI aldolase  74.15 
 
 		 326 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.650441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2154  HpcH/HpaI aldolase  75.69 
 
 		 326 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377613  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1999  lyase protein  74.61 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6859  HpcH/HpaI aldolase  59.88 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2899  lyase  59.88 
 
 		 338 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4357  HpcH/HpaI aldolase  59.88 
 
 		 340 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2868  malyl-CoA lyase or citrate lyase, beta subunit  56.79 
 
 		 327 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4436  HpcH/HpaI aldolase  58.95 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3931  HpcH/HpaI aldolase  58.95 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3597  HpcH/HpaI aldolase  58.95 
 
 		 335 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4148  putative citrate lyase  54.15 
 
 		 331 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0657  lyase, putative  58.64 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1618  putative lyase  58.9 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1826  putative lyase  58.9 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2475  putative lyase  58.9 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2337  putative lyase  58.9 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0496  putative lyase  58.9 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2553  HpcH/HpaI aldolase  56.62 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.108107  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4731  HpcH/HpaI aldolase  54.69 
 
 		 334 aa  366  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834162  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1752  putative lyase  58.88 
 
 		 331 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3824  HpcH/HpaI aldolase  59.26 
 
 		 334 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508893 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3308  HpcH/HpaI aldolase  59.26 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.747689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2155  citrate lyase beta subunit-like  58.64 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4429  Citrate lyase subunit beta-like protein  52.78 
 
 		 373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00516467  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4652  HpcH/HpaI aldolase  59.57 
 
 		 335 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0797  putative lyase  58.25 
 
 		 307 aa  328  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2173  putative lyase  53.21 
 
 		 337 aa  328  9e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2709  putative lyase  49.85 
 
 		 350 aa  314  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1804  putative citrate lyase beta subunit  48.41 
 
 		 354 aa  309  5e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0637103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2431  HpcH/HpaI aldolase  50.3 
 
 		 339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2208  HpcH/HpaI aldolase  51.67 
 
 		 341 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3597  HpcH/HpaI aldolase  47.72 
 
 		 356 aa  295  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3029  HpcH/HpaI aldolase  46.97 
 
 		 329 aa  290  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2279  HpcH/HpaI aldolase  49.7 
 
 		 336 aa  288  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2789  HpcH/HpaI aldolase  49.7 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.175467  normal  0.257367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1434  HpcH/HpaI aldolase  48.48 
 
 		 332 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  26.42 
 
 		 341 aa  89.4  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  29.33 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  28.57 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  28.57 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  29.41 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  28.97 
 
 		 324 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  28.29 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  28.97 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  28.97 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  28.31 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  28.77 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  25.98 
 
 		 379 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  27.21 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  27.93 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  27.21 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  27.57 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  26.09 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  30.36 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  29.64 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  25.51 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  23.11 
 
 		 355 aa  69.7  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  28.72 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  30.68 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  25.7 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  28.95 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  30.68 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  32.27 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  29.52 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  24.07 
 
 		 363 aa  65.9  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  25.08 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  27.23 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  26.48 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  27.3 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  23.31 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  27.94 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  29.61 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  25.46 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  25.1 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  23.78 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  22.34 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  22.92 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  24 
 
 		 349 aa  59.3  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  23.83 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  26.37 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  25.81 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  25.97 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  26.97 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  27.11 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  27.31 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  27.31 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  28.29 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  27.27 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  30.6 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  30.98 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  26.94 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  26.56 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  29.13 
 
 		 338 aa  57  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  27.8 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  26.61 
 
 		 318 aa  57  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  26.7 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  22.92 
 
 		 349 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  26.87 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>