152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3308 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3308  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 334 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.747689 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3824  HpcH/HpaI aldolase  99.1 
 
 		 334 aa  660    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508893 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4436  HpcH/HpaI aldolase  94.48 
 
 		 378 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3931  HpcH/HpaI aldolase  94.48 
 
 		 378 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3597  HpcH/HpaI aldolase  94.48 
 
 		 335 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2155  citrate lyase beta subunit-like  94.85 
 
 		 335 aa  592  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4652  HpcH/HpaI aldolase  94.01 
 
 		 335 aa  585  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0657  lyase, putative  82.98 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1618  putative lyase  83.28 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1826  putative lyase  83.28 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2337  putative lyase  83.28 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0496  putative lyase  83.28 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2475  putative lyase  82.98 
 
 		 339 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1752  putative lyase  82.87 
 
 		 331 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6859  HpcH/HpaI aldolase  77.18 
 
 		 338 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2899  lyase  77.98 
 
 		 338 aa  522  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4357  HpcH/HpaI aldolase  77.81 
 
 		 340 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0797  putative lyase  82.83 
 
 		 307 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2490  HpcH/HpaI aldolase  59.26 
 
 		 326 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2868  malyl-CoA lyase or citrate lyase, beta subunit  57.14 
 
 		 327 aa  371  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2553  HpcH/HpaI aldolase  59.09 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.108107  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2328  putative citrate lyase beta subunit  58.64 
 
 		 326 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1830  HpcH/HpaI aldolase  57.1 
 
 		 326 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.650441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2154  HpcH/HpaI aldolase  58.95 
 
 		 326 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377613  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1999  lyase protein  60.69 
 
 		 320 aa  362  4e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4148  putative citrate lyase  53.37 
 
 		 331 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4429  Citrate lyase subunit beta-like protein  54.6 
 
 		 373 aa  351  8.999999999999999e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00516467  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4731  HpcH/HpaI aldolase  53.35 
 
 		 334 aa  347  2e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2173  putative lyase  56.75 
 
 		 337 aa  339  4e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2709  putative lyase  52.73 
 
 		 350 aa  311  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1804  putative citrate lyase beta subunit  49.56 
 
 		 354 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0637103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2431  HpcH/HpaI aldolase  53.52 
 
 		 339 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3597  HpcH/HpaI aldolase  49.11 
 
 		 356 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2208  HpcH/HpaI aldolase  52.23 
 
 		 341 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3029  HpcH/HpaI aldolase  48.66 
 
 		 329 aa  285  9e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1434  HpcH/HpaI aldolase  50.76 
 
 		 332 aa  276  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2789  HpcH/HpaI aldolase  49.4 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.175467  normal  0.257367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2279  HpcH/HpaI aldolase  49.4 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  30.26 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  32.38 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  27.08 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  26.43 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  26.45 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  27.08 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  27.08 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  30 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  25.91 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  24.82 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  25.63 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  33.2 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  25.42 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  35.78 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  28.19 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  27.5 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  27.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  28.74 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  26.84 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  27.32 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  28.33 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  28.11 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  28.77 
 
 		 325 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  28.11 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  28.2 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  26.6 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  26.6 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  28.09 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  26.37 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  24.16 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  27.86 
 
 		 275 aa  55.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  30.35 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  26.07 
 
 		 312 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  26.33 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  25.07 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  25.93 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  22.59 
 
 		 294 aa  54.3  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  26.09 
 
 		 307 aa  53.5  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  29 
 
 		 268 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  22.3 
 
 		 355 aa  52.8  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  26.69 
 
 		 269 aa  52.8  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  25.57 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  26.9 
 
 		 325 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  28.71 
 
 		 270 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  25 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.09 
 
 		 280 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  25 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  28.74 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  25.57 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.09 
 
 		 280 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.09 
 
 		 280 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.09 
 
 		 280 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  27.63 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  22.78 
 
 		 319 aa  50.4  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  25.26 
 
 		 320 aa  50.1  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  23.7 
 
 		 312 aa  50.1  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  26.09 
 
 		 316 aa  49.7  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  27.2 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  25.6 
 
 		 327 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  27.2 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  25.6 
 
 		 327 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  27.2 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>