209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2107 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  702    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60.51 
 
 		 338 aa  347  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  37.6 
 
 		 360 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  41.42 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 362 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.17 
 
 		 323 aa  90.5  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  26.5 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  25.07 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  27.76 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  29.14 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  28.44 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  25.91 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  27.67 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  27.64 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  27.36 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  27.64 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  25.07 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.14 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  28.23 
 
 		 334 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.57 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  28.32 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  26.36 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  27.84 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  26.35 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  25.4 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  24.66 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  28.31 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  24.44 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  26.65 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  24.07 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  37.14 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  25.79 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  55.74 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  23.16 
 
 		 376 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  26.13 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  26.13 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  32.81 
 
 		 436 aa  68.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  24.11 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  24.42 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  26.51 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  24.53 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  24.85 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  24.12 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  52.46 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  52.46 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  52.46 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  52.46 
 
 		 362 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  52.46 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  52.46 
 
 		 336 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  52.46 
 
 		 336 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  24.7 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  25.69 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  25.69 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  27.54 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  24.71 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  23.98 
 
 		 318 aa  62.8  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  24.71 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  24.57 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1169  hypothetical protein  25.08 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05131  hypothetical protein  26.67 
 
 		 165 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.607741  normal  0.357471 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  39.44 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  39.71 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  42.86 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  44.44 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  24.57 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1089  hypothetical protein  25.08 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 342 aa  57.4  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1790  hypothetical protein  25.71 
 
 		 165 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  36.46 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  25.08 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  26.5 
 
 		 566 aa  56.6  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  36.84 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  38.24 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  25.62 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1384  Xre-like DNA-binding protein  41.18 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>