104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2459 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 292 aa  585  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  87.91 
 
 		 274 aa  450  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  55.56 
 
 		 293 aa  291  9e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  52.4 
 
 		 266 aa  275  5e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.72 
 
 		 273 aa  273  3e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.26 
 
 		 276 aa  265  5.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  52.35 
 
 		 285 aa  265  8.999999999999999e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.25 
 
 		 290 aa  261  8.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 277 aa  245  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.62 
 
 		 276 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50 
 
 		 276 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  47.14 
 
 		 285 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.62 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  50.18 
 
 		 276 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.84 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50 
 
 		 279 aa  238  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.52 
 
 		 269 aa  236  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  46.6 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  48.53 
 
 		 288 aa  229  5e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.83 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.76 
 
 		 265 aa  213  3.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.97 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.39 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  43.02 
 
 		 280 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  45.04 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  42.64 
 
 		 280 aa  202  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  42.64 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  42.64 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  42.26 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  42.26 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.09 
 
 		 394 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.69 
 
 		 278 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  38.32 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.34 
 
 		 286 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.96 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.62 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  31.07 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  31.07 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  30.51 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  30.18 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.11 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.82 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.69 
 
 		 631 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  31.01 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  24.5 
 
 		 297 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.42 
 
 		 631 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.45 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.41 
 
 		 630 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  25.95 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.56 
 
 		 630 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.74 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.41 
 
 		 630 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.8 
 
 		 635 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.98 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.91 
 
 		 293 aa  50.4  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 617 aa  50.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  26.89 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.14 
 
 		 275 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 		 282 aa  48.9  0.00009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.69 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.02 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.38 
 
 		 635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  28.51 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.38 
 
 		 635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.51 
 
 		 635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.22 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  26.87 
 
 		 289 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  25.32 
 
 		 305 aa  47.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.75 
 
 		 628 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 624 aa  47  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.12 
 
 		 290 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.37 
 
 		 280 aa  46.2  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.08 
 
 		 615 aa  45.8  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.59 
 
 		 630 aa  45.8  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  24.29 
 
 		 687 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.59 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.59 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4578  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 137 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.615471  normal  0.641383 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.59 
 
 		 630 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  22.01 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.47 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.07 
 
 		 621 aa  43.9  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  25.51 
 
 		 629 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  20.58 
 
 		 624 aa  44.3  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 284 aa  43.5  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.67 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  27.67 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.93 
 
 		 623 aa  43.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 273 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  24.59 
 
 		 634 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  25.31 
 
 		 635 aa  43.1  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  25.41 
 
 		 629 aa  42.7  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  23.15 
 
 		 295 aa  42.7  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>