108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1009 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  100 
 
 		 351 aa  712    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  40.85 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  41.96 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.28 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.76 
 
 		 321 aa  197  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.86 
 
 		 322 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.57 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.86 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  35.74 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  32.34 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  33.12 
 
 		 1078 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  30.58 
 
 		 1084 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  33.63 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  77.92 
 
 		 904 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  32.53 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 		 352 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  28.97 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.8 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.52 
 
 		 336 aa  94.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  29.14 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.33 
 
 		 323 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  34.39 
 
 		 350 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.31 
 
 		 333 aa  89.4  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.77 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  26.95 
 
 		 336 aa  87.4  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.31 
 
 		 333 aa  87.4  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.66 
 
 		 330 aa  86.3  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.83 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.6 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.39 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.18 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 347 aa  84  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.47 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3359  hypothetical protein  27.11 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.737744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  25.67 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  29.65 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  26.44 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  23.37 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  32.9 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.16 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  25.85 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  34.13 
 
 		 330 aa  72  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  24.86 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.87 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  26.48 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1228  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.85 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.671066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  29.61 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  27.41 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.84 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  31.47 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  26.93 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.69 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  32.56 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2985  transcriptional regulator protein-like protein  23.73 
 
 		 342 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.256195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  27.27 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.98 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.98 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2986  hypothetical protein  30 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.178567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  23.01 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.2 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  32.85 
 
 		 326 aa  57  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.98 
 
 		 313 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  28 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  26.36 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  29.37 
 
 		 326 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  25.66 
 
 		 335 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  23.03 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.37 
 
 		 323 aa  53.9  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  24.31 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  28.18 
 
 		 326 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  24.49 
 
 		 324 aa  53.1  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  25.18 
 
 		 339 aa  52.8  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 322 aa  52.8  0.000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  25.66 
 
 		 335 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  31.5 
 
 		 322 aa  52.8  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.81 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  23.27 
 
 		 383 aa  50.1  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  23.9 
 
 		 378 aa  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2746  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.45 
 
 		 301 aa  49.7  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0446014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  19.82 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.21 
 
 		 226 aa  48.1  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.68 
 
 		 330 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  31.91 
 
 		 329 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  32.88 
 
 		 340 aa  47.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0219  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.53 
 
 		 301 aa  47  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.03 
 
 		 319 aa  47.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  25.37 
 
 		 352 aa  47  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.41 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  27.64 
 
 		 320 aa  46.2  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0351  hypothetical protein  29.09 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  27.66 
 
 		 340 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  21.9 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  28.76 
 
 		 687 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.67 
 
 		 321 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  27.13 
 
 		 338 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  26.83 
 
 		 330 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>