More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0296 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 351 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  87.18 
 
 		 347 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  80.34 
 
 		 339 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  77.6 
 
 		 319 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  77.5 
 
 		 320 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  76.97 
 
 		 319 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  76.38 
 
 		 308 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  54.83 
 
 		 354 aa  332  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  56.73 
 
 		 325 aa  326  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  58.18 
 
 		 328 aa  325  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  56.82 
 
 		 314 aa  325  7e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  56.29 
 
 		 332 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  57.55 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.87 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.5 
 
 		 332 aa  315  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  59.24 
 
 		 308 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.34 
 
 		 317 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.52 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.37 
 
 		 317 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  57.57 
 
 		 291 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  52.41 
 
 		 319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  58.79 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.75 
 
 		 307 aa  295  8e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.37 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.05 
 
 		 307 aa  292  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  52.05 
 
 		 321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  51.63 
 
 		 311 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  50.49 
 
 		 311 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  52.6 
 
 		 328 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  50.16 
 
 		 311 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  48.21 
 
 		 317 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  48.05 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  49.36 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  48.42 
 
 		 304 aa  259  7e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  48.2 
 
 		 308 aa  257  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  46.98 
 
 		 323 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  47.92 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  45.48 
 
 		 304 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  47.23 
 
 		 304 aa  229  7e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  46.1 
 
 		 293 aa  227  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.69 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.37 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.51 
 
 		 298 aa  223  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.75 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  43.79 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.68 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.73 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.73 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.73 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  43.99 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  43.73 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  42.99 
 
 		 305 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.1 
 
 		 298 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.55 
 
 		 299 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  37.74 
 
 		 305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.95 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.99 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 		 298 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.37 
 
 		 305 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  44.09 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  38.02 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  43.31 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.78 
 
 		 309 aa  212  5.999999999999999e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.12 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.91 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  44.13 
 
 		 303 aa  209  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  43.28 
 
 		 308 aa  209  8e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  43.22 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  43.65 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  43.83 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  43.18 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  40 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.3 
 
 		 336 aa  202  8e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  40.85 
 
 		 295 aa  202  9e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  37.74 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  44.95 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.72 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.16 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  44.65 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  41.8 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  43.46 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  41.27 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  40.95 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.73 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  46.56 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 292 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  40.95 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  40.95 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>