More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4478 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  100 
 
 		 554 aa  1139    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.54 
 
 		 468 aa  130  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.32 
 
 		 441 aa  127  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.59 
 
 		 533 aa  123  8e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 506 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  27.94 
 
 		 504 aa  114  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 506 aa  114  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 		 506 aa  111  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 		 470 aa  110  5e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  31.89 
 
 		 451 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  30.45 
 
 		 489 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 525 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 472 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 472 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  27.09 
 
 		 529 aa  108  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  23.37 
 
 		 675 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.39 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  28.17 
 
 		 533 aa  103  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 		 501 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  28.79 
 
 		 523 aa  101  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 		 474 aa  102  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 		 533 aa  101  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.04 
 
 		 494 aa  100  6e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.59 
 
 		 546 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.35 
 
 		 458 aa  100  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 520 aa  100  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.49 
 
 		 524 aa  99.8  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 502 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  28.79 
 
 		 484 aa  99.8  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.99 
 
 		 518 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.53 
 
 		 546 aa  99  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.27 
 
 		 472 aa  99.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.2 
 
 		 494 aa  99  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.08 
 
 		 546 aa  99.4  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.2 
 
 		 494 aa  99  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 		 494 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 		 527 aa  98.6  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.61 
 
 		 520 aa  98.2  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 		 461 aa  98.6  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 529 aa  98.2  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.47 
 
 		 567 aa  98.6  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  27.02 
 
 		 501 aa  98.6  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.13 
 
 		 864 aa  97.8  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.96 
 
 		 548 aa  98.2  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.11 
 
 		 558 aa  97.8  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.6 
 
 		 547 aa  98.2  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.33 
 
 		 522 aa  97.8  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.17 
 
 		 534 aa  98.2  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.72 
 
 		 580 aa  97.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 		 509 aa  97.4  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 		 600 aa  97.4  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 		 500 aa  97.4  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.15 
 
 		 567 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  27.43 
 
 		 529 aa  97.1  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.48 
 
 		 546 aa  97.1  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  25.14 
 
 		 524 aa  97.1  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.05 
 
 		 528 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.95 
 
 		 565 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.3 
 
 		 535 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.98 
 
 		 546 aa  96.3  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 502 aa  96.3  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  27.37 
 
 		 566 aa  96.3  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 		 516 aa  96.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 504 aa  95.9  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.56 
 
 		 612 aa  95.9  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.56 
 
 		 612 aa  95.9  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.79 
 
 		 524 aa  95.1  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.49 
 
 		 564 aa  94.4  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 471 aa  94.4  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.38 
 
 		 546 aa  94  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 552 aa  93.6  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 		 504 aa  93.6  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  26.81 
 
 		 502 aa  92.8  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 520 aa  93.2  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 503 aa  92.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 522 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  25.65 
 
 		 487 aa  92.4  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 		 468 aa  92.8  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.88 
 
 		 677 aa  91.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 		 512 aa  91.7  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  28.96 
 
 		 723 aa  91.3  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 520 aa  91.7  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 		 498 aa  90.5  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 488 aa  90.5  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  25.55 
 
 		 591 aa  90.5  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  28.16 
 
 		 523 aa  90.5  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 459 aa  90.1  8e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.02 
 
 		 674 aa  90.1  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 		 527 aa  90.1  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.66 
 
 		 508 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 529 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  26.99 
 
 		 527 aa  89.7  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.75 
 
 		 548 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  28.18 
 
 		 425 aa  89.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 		 517 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 539 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 429 aa  88.2  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 473 aa  87.8  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>