More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1899 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  70.64 
 
 		 589 aa  884    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  100 
 
 		 591 aa  1218    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  54.28 
 
 		 605 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  60.55 
 
 		 607 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  60.68 
 
 		 598 aa  741    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  60.54 
 
 		 605 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  90.03 
 
 		 592 aa  1114    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  74.36 
 
 		 591 aa  922    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  69.15 
 
 		 591 aa  884    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 462 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  26.23 
 
 		 477 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 		 439 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 449 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  24.44 
 
 		 444 aa  120  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  28.03 
 
 		 430 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 		 490 aa  119  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  26.29 
 
 		 444 aa  119  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 448 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.92 
 
 		 429 aa  118  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 		 433 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 445 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 		 493 aa  114  6e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 433 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  29.28 
 
 		 470 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  28.74 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  26.92 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 468 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  27.38 
 
 		 441 aa  110  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  28.92 
 
 		 428 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 		 527 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 		 512 aa  109  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 		 468 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 		 480 aa  108  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.77 
 
 		 434 aa  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 426 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  27 
 
 		 477 aa  106  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  23.54 
 
 		 500 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 		 498 aa  106  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.95 
 
 		 490 aa  105  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 		 459 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 486 aa  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 434 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 		 471 aa  104  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.29 
 
 		 466 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  24.35 
 
 		 468 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.19 
 
 		 509 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  29.08 
 
 		 546 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  27.1 
 
 		 501 aa  100  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.43 
 
 		 461 aa  100  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 		 502 aa  100  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.87 
 
 		 446 aa  99.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 523 aa  99.4  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 		 422 aa  99.4  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 		 471 aa  98.2  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  30.81 
 
 		 525 aa  98.2  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  24.61 
 
 		 462 aa  97.4  6e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.83 
 
 		 503 aa  97.4  7e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 483 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.11 
 
 		 524 aa  95.9  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.48 
 
 		 522 aa  95.9  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 441 aa  95.1  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 		 469 aa  95.1  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  29.3 
 
 		 532 aa  94.4  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 504 aa  94  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 600 aa  94  8e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  26.61 
 
 		 503 aa  93.6  9e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 504 aa  93.2  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 		 534 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 503 aa  92.8  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 520 aa  92.8  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24 
 
 		 441 aa  92.4  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  24.48 
 
 		 469 aa  92.8  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 		 484 aa  92  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 527 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.9 
 
 		 471 aa  91.7  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 475 aa  92  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 529 aa  91.3  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 498 aa  91.3  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  26.8 
 
 		 528 aa  90.9  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 		 502 aa  90.9  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  25.55 
 
 		 554 aa  90.5  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 468 aa  90.5  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.2 
 
 		 474 aa  90.1  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.17 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 		 467 aa  90.1  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  25.94 
 
 		 533 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  24.67 
 
 		 524 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.85 
 
 		 472 aa  89  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 465 aa  89.4  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 		 504 aa  89.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 		 448 aa  88.6  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 		 471 aa  87.8  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  23.9 
 
 		 522 aa  87.8  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.28 
 
 		 465 aa  87.4  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 		 471 aa  87.4  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.34 
 
 		 472 aa  87  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 527 aa  87  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.84 
 
 		 478 aa  87  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  27.19 
 
 		 527 aa  87  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>