More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2490 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  57.82 
 
 		 591 aa  691    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  57.92 
 
 		 589 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  57.19 
 
 		 591 aa  705    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  60.54 
 
 		 591 aa  734    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  78.58 
 
 		 607 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  100 
 
 		 605 aa  1250    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  60.65 
 
 		 592 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  89.17 
 
 		 598 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  53.9 
 
 		 605 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 		 477 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 		 449 aa  135  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.01 
 
 		 444 aa  131  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 		 462 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 		 439 aa  124  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  26.78 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  29.52 
 
 		 428 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 		 433 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  27.92 
 
 		 441 aa  120  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 429 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  25.92 
 
 		 459 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.53 
 
 		 430 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.77 
 
 		 466 aa  114  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  27.41 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 		 477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.03 
 
 		 461 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.2 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 433 aa  112  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 		 468 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.68 
 
 		 490 aa  110  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.8 
 
 		 470 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 462 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 441 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 446 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  26.25 
 
 		 486 aa  105  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  26.03 
 
 		 468 aa  104  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 		 422 aa  104  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.15 
 
 		 479 aa  103  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 480 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.27 
 
 		 471 aa  102  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.91 
 
 		 441 aa  102  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 		 512 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  29.04 
 
 		 426 aa  100  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  23.8 
 
 		 445 aa  100  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 471 aa  100  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 		 493 aa  100  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 		 471 aa  100  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 		 471 aa  100  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  23.67 
 
 		 465 aa  99.8  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 		 534 aa  99.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.61 
 
 		 472 aa  98.2  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 		 527 aa  97.8  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 		 471 aa  97.4  7e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 475 aa  97.4  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 469 aa  97.1  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 523 aa  96.7  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 		 468 aa  95.9  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 509 aa  95.5  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  28.06 
 
 		 527 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 		 483 aa  94  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 498 aa  94  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 527 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 		 448 aa  92  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  24.6 
 
 		 502 aa  91.3  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 503 aa  90.9  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 500 aa  90.9  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.48 
 
 		 468 aa  90.9  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  27.71 
 
 		 528 aa  90.9  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  26.19 
 
 		 527 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.49 
 
 		 478 aa  89  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 		 529 aa  89.7  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  26.25 
 
 		 553 aa  88.6  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 		 600 aa  88.2  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 		 474 aa  87.8  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  24.73 
 
 		 591 aa  87  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 521 aa  87  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 473 aa  87  9e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 		 477 aa  85.1  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  27.52 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  23.56 
 
 		 533 aa  85.5  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  27.11 
 
 		 528 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  23.53 
 
 		 469 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.08 
 
 		 462 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  24.42 
 
 		 523 aa  84  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  27.7 
 
 		 503 aa  83.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  28.9 
 
 		 618 aa  83.2  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 503 aa  83.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  24.19 
 
 		 450 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 533 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  26.94 
 
 		 527 aa  82.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.39 
 
 		 490 aa  82.8  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  25.83 
 
 		 529 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  24.58 
 
 		 467 aa  82  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 		 533 aa  82  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 520 aa  81.6  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.78 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>