More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2772 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 598 aa  1234    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  58.18 
 
 		 589 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  60.68 
 
 		 591 aa  741    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  79.93 
 
 		 607 aa  974    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  57.67 
 
 		 591 aa  699    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  89.17 
 
 		 605 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  60.51 
 
 		 592 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  57.84 
 
 		 591 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  54.81 
 
 		 605 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 		 477 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 		 462 aa  131  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 449 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.01 
 
 		 444 aa  130  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 		 439 aa  126  9e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  30.28 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 448 aa  124  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 		 433 aa  123  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 429 aa  120  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  26.71 
 
 		 441 aa  120  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  28.07 
 
 		 428 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 428 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  24.12 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.53 
 
 		 430 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 468 aa  115  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  27.97 
 
 		 459 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.1 
 
 		 434 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 		 433 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.34 
 
 		 461 aa  110  8.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  27.12 
 
 		 477 aa  108  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 441 aa  108  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.68 
 
 		 466 aa  108  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 470 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 		 434 aa  106  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  24.72 
 
 		 445 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 441 aa  105  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 471 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 		 512 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 		 468 aa  102  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 462 aa  101  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.36 
 
 		 490 aa  101  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 		 480 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.84 
 
 		 471 aa  100  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 471 aa  100  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 486 aa  98.6  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 		 493 aa  97.8  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 422 aa  97.4  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 		 534 aa  97.1  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 		 471 aa  97.1  8e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 		 468 aa  97.1  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 469 aa  96.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.71 
 
 		 446 aa  96.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  23.61 
 
 		 465 aa  95.9  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  26.03 
 
 		 483 aa  95.9  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.9 
 
 		 479 aa  94.7  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.54 
 
 		 472 aa  94.7  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  26.56 
 
 		 527 aa  94.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 		 469 aa  94  8e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  27.13 
 
 		 475 aa  93.6  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 448 aa  92.8  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.31 
 
 		 462 aa  92.8  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 527 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 		 468 aa  92.8  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  26.53 
 
 		 527 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  23.6 
 
 		 474 aa  89  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 		 527 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  24.55 
 
 		 498 aa  88.6  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.33 
 
 		 478 aa  88.6  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 		 523 aa  87.8  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  26.81 
 
 		 528 aa  87  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 		 529 aa  87  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  24.26 
 
 		 533 aa  86.7  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.49 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.07 
 
 		 465 aa  85.5  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  24.36 
 
 		 591 aa  85.1  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 		 467 aa  85.1  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  24.46 
 
 		 467 aa  84.7  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  26.76 
 
 		 553 aa  84.7  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 		 500 aa  84  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  29.76 
 
 		 618 aa  84  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  24 
 
 		 502 aa  83.6  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  24.75 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 468 aa  83.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.46 
 
 		 503 aa  82.8  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  24.69 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.32 
 
 		 461 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  22.49 
 
 		 523 aa  82.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 521 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 600 aa  81.6  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  25.98 
 
 		 529 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  24.74 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  23.75 
 
 		 469 aa  80.5  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.59 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 		 533 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  27.94 
 
 		 528 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  28.57 
 
 		 546 aa  79.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  26.16 
 
 		 527 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  23.62 
 
 		 450 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>