More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3556 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  100 
 
 
450 aa  930    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  42.26 
 
 
448 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  41.4 
 
 
445 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  40.32 
 
 
444 aa  323  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  38.84 
 
 
444 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  32.18 
 
 
433 aa  197  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  30.25 
 
 
444 aa  184  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  32.82 
 
 
426 aa  182  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  32.95 
 
 
446 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 
477 aa  176  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 
449 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  29.23 
 
 
441 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  34.32 
 
 
428 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  35.26 
 
 
434 aa  168  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  29.16 
 
 
428 aa  163  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  31.25 
 
 
430 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  32.11 
 
 
439 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 
444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.4 
 
 
459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
434 aa  153  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  29.88 
 
 
428 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 
468 aa  152  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
429 aa  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.61 
 
 
479 aa  146  8.000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 
465 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.08 
 
 
465 aa  142  9e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.36 
 
 
471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  24.53 
 
 
469 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 
468 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 
467 aa  140  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.71 
 
 
466 aa  140  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.94 
 
 
461 aa  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 
469 aa  138  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 
469 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.76 
 
 
461 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  30 
 
 
483 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  31.85 
 
 
472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
480 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 
477 aa  133  5e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 
448 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.46 
 
 
471 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.01 
 
 
478 aa  130  6e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.9 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 
441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 
486 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 
475 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 
468 aa  128  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.52 
 
 
462 aa  128  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 
471 aa  127  6e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.92 
 
 
471 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 
468 aa  126  7e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.92 
 
 
471 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  25.73 
 
 
490 aa  126  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  28.36 
 
 
468 aa  126  9e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 
477 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  30.55 
 
 
476 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 
462 aa  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
474 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.03 
 
 
471 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.08 
 
 
472 aa  121  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 
512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  29.33 
 
 
473 aa  117  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 
445 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
600 aa  111  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  25.86 
 
 
527 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.29 
 
 
608 aa  106  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.58 
 
 
609 aa  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 
493 aa  104  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
520 aa  103  7e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 
502 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 
451 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.24 
 
 
612 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  28.35 
 
 
472 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 
472 aa  100  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 
608 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 
489 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  28.39 
 
 
504 aa  97.4  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 
533 aa  96.7  8e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
504 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.2 
 
 
509 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.49 
 
 
462 aa  94.7  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 
609 aa  94  5e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  27.45 
 
 
456 aa  93.6  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  26.19 
 
 
504 aa  93.6  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25.88 
 
 
503 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 
422 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  23.72 
 
 
521 aa  91.3  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  25.94 
 
 
529 aa  90.5  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  26.15 
 
 
503 aa  90.5  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 
470 aa  90.1  6e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
498 aa  90.5  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
498 aa  90.1  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.2 
 
 
554 aa  90.1  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.62 
 
 
459 aa  89.4  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 
603 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 
523 aa  89  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  26.54 
 
 
503 aa  88.6  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>