More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1975 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  82.17 
 
 		 466 aa  808    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  71.96 
 
 		 461 aa  717    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  69.69 
 
 		 465 aa  692    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  67.11 
 
 		 469 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  80.77 
 
 		 468 aa  818    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 468 aa  976    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  69.71 
 
 		 468 aa  681    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  68.83 
 
 		 462 aa  685    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.34 
 
 		 461 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.51 
 
 		 428 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.49 
 
 		 471 aa  216  8e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.07 
 
 		 465 aa  212  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  29.06 
 
 		 467 aa  211  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1164  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 		 481 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149983  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 		 469 aa  208  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  29.93 
 
 		 426 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 		 433 aa  207  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.61 
 
 		 462 aa  206  7e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 		 468 aa  205  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 467 aa  199  7e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 		 469 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.85 
 
 		 434 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  30.5 
 
 		 444 aa  197  5.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  30.93 
 
 		 429 aa  192  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.95 
 
 		 428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  30.43 
 
 		 430 aa  187  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 		 439 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  32.2 
 
 		 444 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 		 448 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  29.23 
 
 		 428 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  28.21 
 
 		 441 aa  172  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  31.04 
 
 		 434 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 		 449 aa  167  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.43 
 
 		 471 aa  161  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  27.9 
 
 		 486 aa  161  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  27.08 
 
 		 477 aa  160  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 446 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.46 
 
 		 468 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 		 445 aa  153  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  24.04 
 
 		 477 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.65 
 
 		 479 aa  150  7e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 480 aa  149  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 		 470 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 483 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27 
 
 		 490 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  28.43 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 462 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 		 459 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 		 471 aa  143  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 471 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.92 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  27.51 
 
 		 474 aa  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  24.08 
 
 		 477 aa  137  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 472 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.65 
 
 		 478 aa  134  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 476 aa  133  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.16 
 
 		 472 aa  131  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.86 
 
 		 441 aa  130  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 		 444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 		 450 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  27 
 
 		 592 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.64 
 
 		 608 aa  121  3e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 484 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 		 445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 444 aa  118  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  22.76 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  23.19 
 
 		 422 aa  116  8.999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 598 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.43 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.48 
 
 		 609 aa  114  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  24.59 
 
 		 495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.9 
 
 		 478 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 		 609 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  24.83 
 
 		 605 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  22.51 
 
 		 472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  26.76 
 
 		 591 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 		 603 aa  108  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  22.08 
 
 		 472 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.07 
 
 		 476 aa  107  6e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  23.02 
 
 		 490 aa  106  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.29 
 
 		 489 aa  106  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 500 aa  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  27.18 
 
 		 591 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.09 
 
 		 509 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.52 
 
 		 479 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.52 
 
 		 479 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  24.73 
 
 		 591 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27 
 
 		 608 aa  103  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  23.92 
 
 		 503 aa  101  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 		 534 aa  100  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 		 529 aa  99.8  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  26.87 
 
 		 532 aa  99.8  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>