More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4163 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.3 
 
 		 647 aa  813    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0931663  normal  0.549612 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2312  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.04 
 
 		 657 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623811  normal  0.165216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1604  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76.34 
 
 		 651 aa  970    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.43289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5666  putative polysaccharide biosynthesis protein  72.88 
 
 		 637 aa  919    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.811762 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4163  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 643 aa  1306    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737802  normal  0.887363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1616  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.72 
 
 		 638 aa  916    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1300  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.73 
 
 		 642 aa  864    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2799  polysaccharide biosynthesis protein CapD  69.28 
 
 		 633 aa  826    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2037  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.2 
 
 		 675 aa  652    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4506  polysaccharide biosynthesis protein CapD  77.01 
 
 		 641 aa  967    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1998  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.72 
 
 		 657 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1642  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.56 
 
 		 662 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.472586  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0455  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.5 
 
 		 653 aa  582  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.70203  normal  0.0478579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.63 
 
 		 670 aa  569  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00189901 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.1 
 
 		 652 aa  388  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 		 664 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.62 
 
 		 644 aa  356  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.64 
 
 		 626 aa  354  2e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1040  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.65 
 
 		 633 aa  353  7e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4568  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.74 
 
 		 731 aa  349  8e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.730165  normal  0.516333 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.7 
 
 		 610 aa  348  2e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.76 
 
 		 630 aa  347  4e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  34.48 
 
 		 647 aa  343  4e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.44 
 
 		 614 aa  339  9.999999999999999e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1535  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.81 
 
 		 635 aa  332  9e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.5 
 
 		 638 aa  332  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  35.99 
 
 		 614 aa  330  4e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1592  epimerase/dehydratase protein  38.81 
 
 		 635 aa  330  5.0000000000000004e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  33.97 
 
 		 603 aa  330  7e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.38 
 
 		 613 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  33.54 
 
 		 635 aa  327  4.0000000000000003e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  33.81 
 
 		 604 aa  324  3e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.6 
 
 		 612 aa  323  7e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.78 
 
 		 617 aa  322  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00896  epimerase  38.25 
 
 		 635 aa  316  8e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  33.97 
 
 		 621 aa  316  9.999999999999999e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  33.97 
 
 		 621 aa  314  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.46 
 
 		 680 aa  313  9e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.03 
 
 		 647 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1651  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.3 
 
 		 637 aa  311  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449332  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.5 
 
 		 637 aa  310  4e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.61 
 
 		 627 aa  310  6.999999999999999e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.92 
 
 		 646 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.39 
 
 		 613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.51 
 
 		 612 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.61 
 
 		 647 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  34.68 
 
 		 615 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.33 
 
 		 607 aa  305  2.0000000000000002e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.66 
 
 		 620 aa  303  9e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.78 
 
 		 635 aa  301  3e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.59 
 
 		 609 aa  300  4e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.69 
 
 		 612 aa  300  5e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.81 
 
 		 670 aa  298  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.41 
 
 		 643 aa  297  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.81 
 
 		 652 aa  296  8e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.37 
 
 		 643 aa  295  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.5 
 
 		 616 aa  294  3e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.82 
 
 		 642 aa  293  9e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.23 
 
 		 650 aa  292  1e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.13 
 
 		 619 aa  292  1e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33 
 
 		 651 aa  292  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.12 
 
 		 676 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.96 
 
 		 625 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.02 
 
 		 633 aa  289  1e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.65 
 
 		 627 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.48 
 
 		 652 aa  287  4e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.71 
 
 		 656 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.51 
 
 		 653 aa  285  2.0000000000000002e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.92 
 
 		 648 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.39 
 
 		 630 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.66 
 
 		 627 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.1 
 
 		 641 aa  284  3.0000000000000004e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  31.11 
 
 		 614 aa  285  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  33.49 
 
 		 637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.85 
 
 		 628 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.71 
 
 		 605 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.71 
 
 		 605 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.99 
 
 		 629 aa  281  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.27 
 
 		 600 aa  280  4e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1354  putative epimerase/dehydratase WbiI  32.28 
 
 		 595 aa  279  9e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4459  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.49 
 
 		 641 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.29 
 
 		 611 aa  278  2e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  33.01 
 
 		 656 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.29 
 
 		 607 aa  278  3e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.36 
 
 		 627 aa  278  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.36 
 
 		 627 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.36 
 
 		 627 aa  278  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.55 
 
 		 629 aa  277  5e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2864  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.25 
 
 		 478 aa  276  7e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  32.89 
 
 		 649 aa  276  9e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0949  general glycosylation pathway protein  30.94 
 
 		 597 aa  276  1.0000000000000001e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.266256  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  31.7 
 
 		 613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18500  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  39.65 
 
 		 626 aa  272  1e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.981447 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.91 
 
 		 617 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>