208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3763 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3763  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  100 
 
 		 373 aa  708    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  53.68 
 
 		 370 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1164  hydrogenase expression/formation  50 
 
 		 369 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0669591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2005  hydrogenase expression/formation  40.11 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  34.97 
 
 		 368 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  31.96 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.45 
 
 		 475 aa  89.7  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  36.45 
 
 		 475 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.51 
 
 		 477 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.46 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  33.48 
 
 		 485 aa  84.3  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.02 
 
 		 485 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.2 
 
 		 482 aa  82  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.87 
 
 		 480 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.88 
 
 		 481 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  38.75 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  37.75 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.97 
 
 		 472 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  33.33 
 
 		 406 aa  73.9  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  30.67 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  31.49 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  28.13 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.16 
 
 		 496 aa  72.8  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.35 
 
 		 488 aa  72.4  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.21 
 
 		 481 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0441  hypothetical protein  34.81 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.37 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  27.27 
 
 		 518 aa  62.8  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  36.54 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.83 
 
 		 475 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  38.78 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  29.26 
 
 		 535 aa  59.7  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.56 
 
 		 566 aa  58.9  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.3 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.81 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.08 
 
 		 545 aa  58.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  40.96 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.35 
 
 		 566 aa  57.4  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.3 
 
 		 535 aa  57  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.24 
 
 		 505 aa  57  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.78 
 
 		 549 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.16 
 
 		 540 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.92 
 
 		 531 aa  56.2  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.32 
 
 		 485 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.61 
 
 		 558 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  32.53 
 
 		 526 aa  55.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.48 
 
 		 567 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.02 
 
 		 591 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  26.45 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.48 
 
 		 567 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.48 
 
 		 567 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.53 
 
 		 547 aa  55.5  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.48 
 
 		 567 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.95 
 
 		 567 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  31.54 
 
 		 456 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.77 
 
 		 536 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.29 
 
 		 517 aa  53.9  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.56 
 
 		 571 aa  53.9  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.33 
 
 		 526 aa  53.9  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.75 
 
 		 513 aa  53.5  0.000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.33 
 
 		 526 aa  53.9  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.78 
 
 		 571 aa  53.5  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.98 
 
 		 549 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  29.67 
 
 		 567 aa  53.1  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  35.29 
 
 		 532 aa  53.1  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  35.29 
 
 		 532 aa  53.1  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  35.56 
 
 		 585 aa  52.8  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.72 
 
 		 567 aa  52.8  0.000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.72 
 
 		 567 aa  52.8  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.72 
 
 		 567 aa  52.8  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.56 
 
 		 585 aa  52.8  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  34.12 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.48 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  34.12 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  34.12 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  34.12 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.01 
 
 		 572 aa  52.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.68 
 
 		 509 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.13 
 
 		 568 aa  52.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  34.12 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.23 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.29 
 
 		 532 aa  51.6  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.34 
 
 		 554 aa  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.16 
 
 		 534 aa  51.6  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.12 
 
 		 567 aa  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.58 
 
 		 566 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.29 
 
 		 625 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 570 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  42.86 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  32.94 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  36.14 
 
 		 570 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 570 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>