More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1940 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 489 aa  979    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  44.7 
 
 		 445 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  43.15 
 
 		 460 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  32.2 
 
 		 474 aa  279  7e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  38.17 
 
 		 384 aa  226  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 		 459 aa  216  9e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  36.2 
 
 		 367 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 439 aa  173  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  31.45 
 
 		 537 aa  158  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 572 aa  156  8e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  41.62 
 
 		 337 aa  153  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 		 447 aa  146  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  31.36 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 349 aa  136  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 		 270 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 		 279 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 330 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 533 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  30.08 
 
 		 307 aa  120  4.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  35.87 
 
 		 310 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  29.26 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  31.3 
 
 		 544 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 336 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  28.7 
 
 		 534 aa  116  7.999999999999999e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  30.64 
 
 		 561 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  31.78 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 		 311 aa  115  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  27.92 
 
 		 270 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  30.17 
 
 		 288 aa  114  5e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  29.65 
 
 		 547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  31.38 
 
 		 304 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 272 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  28.38 
 
 		 563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  34.71 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 360 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  29.02 
 
 		 551 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  29.02 
 
 		 551 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.8 
 
 		 286 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 275 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 550 aa  107  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2090  hypothetical protein  32.57 
 
 		 301 aa  107  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 276 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 304 aa  106  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 322 aa  106  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  29.11 
 
 		 275 aa  106  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.97 
 
 		 331 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  32.66 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  28.95 
 
 		 292 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 305 aa  105  3e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 549 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 549 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  29.59 
 
 		 281 aa  104  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 549 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1335  MscS mechanosensitive ion channel  32.66 
 
 		 275 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000063147 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 273 aa  103  6e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  30.38 
 
 		 280 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 		 295 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 269 aa  102  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  26.8 
 
 		 291 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 		 280 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 262 aa  101  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 		 273 aa  101  3e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 295 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  26.02 
 
 		 813 aa  101  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  27.6 
 
 		 274 aa  101  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 305 aa  100  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  27.52 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  33.77 
 
 		 279 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 393 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 296 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  24.77 
 
 		 267 aa  100  6e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 		 267 aa  99.4  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  30.41 
 
 		 287 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  26.34 
 
 		 267 aa  99.4  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  31.44 
 
 		 288 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  26.57 
 
 		 531 aa  99  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 842 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 268 aa  98.2  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 297 aa  98.2  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 277 aa  97.8  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 833 aa  97.4  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.04 
 
 		 275 aa  97.4  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  27.76 
 
 		 290 aa  97.1  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 277 aa  96.7  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 285 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 285 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 285 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 266 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 285 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 274 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 		 299 aa  95.9  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>