More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0293 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
447 aa  879    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  40.88 
 
 
572 aa  334  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 
537 aa  322  8e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  41.5 
 
 
439 aa  265  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
445 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  39.37 
 
 
337 aa  172  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  33.42 
 
 
460 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  29 
 
 
474 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 
489 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  31.33 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 
384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  30.54 
 
 
459 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 
291 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 
330 aa  110  7.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 
290 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 
280 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  28.57 
 
 
331 aa  100  7e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 
270 aa  99.8  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 
283 aa  97.4  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 
295 aa  97.1  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
276 aa  95.9  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  23.02 
 
 
311 aa  95.9  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  24.9 
 
 
349 aa  96.3  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  27.13 
 
 
272 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  33.48 
 
 
281 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.86 
 
 
328 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 
406 aa  94.7  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  22.93 
 
 
334 aa  94.7  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  31.39 
 
 
283 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 
1127 aa  93.6  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 
400 aa  93.2  9e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 
275 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 
322 aa  92.4  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 
275 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 
275 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  29.79 
 
 
305 aa  92.4  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  28.46 
 
 
275 aa  91.3  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 
275 aa  90.9  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 
274 aa  90.9  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 
295 aa  90.5  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  29.64 
 
 
275 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  23.42 
 
 
279 aa  90.5  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  26.12 
 
 
307 aa  90.1  6e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  28.88 
 
 
274 aa  90.5  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
275 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 
275 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 
275 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  27.45 
 
 
276 aa  89  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  26.92 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  28.4 
 
 
288 aa  88.2  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  24.11 
 
 
336 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 
287 aa  86.7  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  26.17 
 
 
288 aa  86.7  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  28.49 
 
 
531 aa  86.3  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 
275 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  24.79 
 
 
310 aa  86.3  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  28.09 
 
 
277 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 
274 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  29.47 
 
 
401 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 
301 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  28.57 
 
 
298 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  27.43 
 
 
266 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  31.87 
 
 
262 aa  85.5  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  26.61 
 
 
270 aa  85.1  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  26.41 
 
 
280 aa  84.3  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  28.86 
 
 
534 aa  84.3  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  29.47 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  31.68 
 
 
302 aa  84  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  28.16 
 
 
267 aa  84  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  27.2 
 
 
287 aa  84  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  27.31 
 
 
292 aa  84  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 
258 aa  84  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.11 
 
 
286 aa  84  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  25.17 
 
 
298 aa  84  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 
297 aa  84  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  28.31 
 
 
274 aa  84  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  27.99 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 
267 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  27.09 
 
 
356 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  26.55 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2109  MscS Mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 
306 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  25.67 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 
269 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  26.85 
 
 
288 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 
268 aa  82  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 
287 aa  82.4  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  21.94 
 
 
296 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
267 aa  81.6  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  27.01 
 
 
275 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 
538 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  26.02 
 
 
271 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  32.95 
 
 
429 aa  81.3  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  25.51 
 
 
271 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 
547 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  27.06 
 
 
286 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  27.06 
 
 
286 aa  80.1  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  27.06 
 
 
286 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>