102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2729 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2729  phytoene synthase  100 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2774  phytoene synthase  83.28 
 
 		 288 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1802  squalene/phytoene synthase  60.14 
 
 		 287 aa  341  9e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.283074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3169  putative phytoene synthase  63.14 
 
 		 290 aa  338  4e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4403  putative phytoene synthase (terpenoid synthase)  60.79 
 
 		 288 aa  323  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0617477  normal  0.124471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1766  squalene/phytoene synthase  56.63 
 
 		 286 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0567631  normal  0.0104629 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2773  phytoene synthase  63.21 
 
 		 288 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.186675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2858  Squalene/phytoene synthase  38.21 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0793384 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1696  Squalene/phytoene synthase  41.67 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2334  phytoene synthase  37 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1176  putative phytoene synthase protein  38.75 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.691183  normal  0.0670648 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1498  phytoene synthase protein  41.04 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1794  squalene/phytoene synthase  42.11 
 
 		 274 aa  165  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0830515  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0893  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0889  hypothetical protein  40.6 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1004  squalene/phytoene synthase  36.88 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2656  phytoene synthase  40.22 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2191  Squalene/phytoene synthase  42.15 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2494  squalene/phytoene synthase  40.62 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0526  hypothetical protein  33.21 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4312  squalene/phytoene synthase  43.8 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2279  squalene/phytoene synthase  38.98 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4225  squalene/phytoene synthase  38.85 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0742858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4595  Squalene/phytoene synthase  38.85 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0988127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4744  Squalene/phytoene synthase  38.85 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0251048 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3040  putative phytoene synthase  34.82 
 
 		 281 aa  122  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1759  putative phytoene synthase protein  32.68 
 
 		 282 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5923  predicted protein  29.89 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.918435 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  27.91 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3104  hypothetical protein  40.12 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0665725  normal  0.469934 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00043  conserved hypothetical protein  27.78 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.1 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1695  hypothetical protein  36.14 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.305402  normal  0.0354214 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  27.92 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.27 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.17 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.17 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.2 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.56 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  27.97 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1155  hypothetical protein  34.04 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0425779 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  24.35 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1180  phytoene/squalene synthetase-like protein  36.43 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1962  hypothetical protein  33.33 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000465234  normal  0.472 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  24.77 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  25.09 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1894  hypothetical protein  28.04 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  24.77 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  28.9 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  25.1 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33756  predicted protein  26.34 
 
 		 711 aa  62.8  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0254551  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1383  putative phytoene/squalene synthetase  31.94 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0024751  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  21.31 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4061  hypothetical protein  34.81 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  28.19 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2074  phytoene/squalene synthetase-like protein  33.14 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14342  normal  0.219879 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  28.24 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  26.37 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  29.06 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  25.64 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2725  phytoene/squalene synthetase  33.33 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.629616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  25.64 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.81 
 
 		 286 aa  57  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  28.43 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1548  squalene/phytoene synthase  26.71 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  27.34 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  25.22 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  28.24 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  28.24 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  25.09 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  23.95 
 
 		 324 aa  53.5  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  28.17 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  28.17 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  27.89 
 
 		 278 aa  52.8  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0386  hypothetical protein  27.95 
 
 		 292 aa  52.4  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.200827  normal  0.576494 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  26.05 
 
 		 279 aa  52.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  27.49 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  21.58 
 
 		 316 aa  50.8  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.52 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  27.38 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  27.56 
 
 		 307 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  27.56 
 
 		 307 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  23.21 
 
 		 313 aa  49.7  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  26.61 
 
 		 352 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  25.29 
 
 		 289 aa  48.5  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  26.98 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.55 
 
 		 316 aa  45.8  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.73 
 
 		 298 aa  45.8  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  27.13 
 
 		 687 aa  45.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  19.37 
 
 		 311 aa  43.5  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  18.47 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  22 
 
 		 310 aa  43.5  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  28.1 
 
 		 283 aa  43.5  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  26.41 
 
 		 342 aa  43.1  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  28.29 
 
 		 312 aa  43.1  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  24.52 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>