119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2000 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2000  precorrin 6A synthase  100 
 
 		 249 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00310446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3763  precorrin 6A synthase  95.98 
 
 		 249 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.21445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2140  precorrin 6A synthase  89.16 
 
 		 249 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.1822  hitchhiker  0.0000632781 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2104  precorrin 6A synthase  81.05 
 
 		 251 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.749049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2709  tetrapyrrole methylase family protein  54.51 
 
 		 261 aa  264  8e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2657  precorrin 6A synthase  56 
 
 		 256 aa  264  8e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.14068  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2442  precorrin 6A synthase  54.58 
 
 		 252 aa  255  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0256861  decreased coverage  0.000262915 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2504  precorrin-6A synthase  54.62 
 
 		 244 aa  251  7e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.488753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4201  precorrin 6A synthase  55.69 
 
 		 266 aa  251  9.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6988  precorrin 6A synthase  51.79 
 
 		 261 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.444795  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2326  precorrin 6A synthase  49.2 
 
 		 253 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.414205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1896  precorrin 6A synthase  51.41 
 
 		 252 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.628437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2387  precorrin 6A synthase  49 
 
 		 254 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4338  precorrin 6A synthase  52.19 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0501476  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4424  precorrin 6A synthase  52.19 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.753252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4718  precorrin 6A synthase  52.19 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.502891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2819  precorrin 6A synthase  46 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3174  precorrin 6A synthase  50 
 
 		 253 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2061  precorrin 6A synthase  48.8 
 
 		 251 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3231  precorrin 6A synthase  47.22 
 
 		 252 aa  228  6e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00310534 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2970  precorrin 6A synthase  49.4 
 
 		 257 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.590816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4583  precorrin 6A synthase  46 
 
 		 253 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3576  precorrin 6A synthase  52.19 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.982294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6018  precorrin 6A synthase  45.38 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0516711  normal  0.289683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3385  precorrin 6A synthase  52.21 
 
 		 252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.852211 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7173  precorrin 6A synthase  44.98 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92278  normal  0.266334 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3353  precorrin-6A synthase (deacetylating)  49.8 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.569272  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3694  precorrin 6A synthase  51.81 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1321  precorrin-6A synthase (deacetylating)  46.53 
 
 		 246 aa  208  6e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0142  precorrin 6A synthase  48.22 
 
 		 297 aa  205  5e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0332  precorrin 6A synthase  44.84 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1538  precorrin 6A synthase  49.21 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0200089  normal  0.0986349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2224  precorrin 6A synthase  41.9 
 
 		 254 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2542  precorrin 6A synthase  43.82 
 
 		 249 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0320  precorrin 6A synthase  46.88 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17580  precorrin 6A synthase  43.43 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5843  precorrin 6A synthase  43.36 
 
 		 265 aa  168  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2819  precorrin 6A synthase  42.91 
 
 		 254 aa  165  8e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632211  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1477  precorrin 6A synthase  42.91 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.444029 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2920  precorrin 6A synthase  42.74 
 
 		 246 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0390694 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0376  precorrin 6A synthase  42.75 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1527  precorrin 6A synthase  42.69 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.626854  normal  0.483999 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2879  precorrin 6A synthase  40.89 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0361  precorrin 6A synthase  39.76 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0784549 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1612  precorrin-6A synthase (deacetylating)  43.14 
 
 		 247 aa  142  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04091  precorrin-2 C20-methyltransferase  29.45 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1556  precorrin-2 C20-methyltransferase  27.61 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2706  precorrin-2 C20-methyltransferase  32.32 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000899582 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03851  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.74 
 
 		 273 aa  65.1  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1271  precorrin-2 C20-methyltransferase  29.01 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1714  precorrin-2 C20-methyltransferase  29.82 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04401  precorrin-2-C20-methyltransferase  28.22 
 
 		 251 aa  62  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1297  precorrin-2 C20-methyltransferase  30.86 
 
 		 247 aa  62  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0385  cobalt-factor II C20-methyltransferase  27.11 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2995  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.4 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2735  precorrin-2 C20-methyltransferase  29.89 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000618723  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3502  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.82 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000438049  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2524  precorrin-2 C20-methyltransferase  31.71 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00515181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2135  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.92 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0352605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0554  precorrin-2 C20-methyltransferase  27.06 
 
 		 240 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1375  precorrin-2 C20-methyltransferase  27.16 
 
 		 227 aa  54.7  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0058  precorrin-2 C20-methyltransferase  22.37 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1522  cobalt-precorrin-2 C(20)-methyltransferase  26.95 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000310651 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0115  precorrin-2 C20-methyltransferase  22.49 
 
 		 222 aa  53.1  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.942057  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1293  precorrin-2 C20-methyltransferase  25.14 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.116679 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0036  precorrin-2 C20-methyltransferase  25.93 
 
 		 244 aa  52.4  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1431  cobalt-precorrin-2 C(20)-methyltransferase  28.42 
 
 		 220 aa  52.4  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0227456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3542  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.63 
 
 		 236 aa  52.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1237  cobalt-precorrin-2 C(20)-methyltransferase  28.42 
 
 		 220 aa  52  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.433092  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1266  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.57 
 
 		 240 aa  52  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3374  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.67 
 
 		 246 aa  52  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.299047 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0799  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.54 
 
 		 236 aa  52  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1012  precorrin-2 C20-methyltransferase  27.33 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0248  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.89 
 
 		 232 aa  50.4  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3107  cobalt-factor II C20-methyltransferase / precorrin-2 C20-methyltransferase  31.29 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0639  precorrin-2 C20-methyltransferase  27.71 
 
 		 242 aa  50.1  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04401  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.63 
 
 		 242 aa  49.7  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.614023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2610  precorrin-2 C20-methyltransferase  26.99 
 
 		 233 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0570  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.92 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.307877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0509  cobalt-precorrin-2 C(20)-methyltransferase  27.45 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2083  precorrin-2 methyltransferase  25.44 
 
 		 252 aa  48.9  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1500  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.57 
 
 		 259 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0153  precorrin-3B C17-methyltransferase  30.3 
 
 		 513 aa  48.9  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2865  precorrin-2 C20-methyltransferase / cobalt-factor II C20-methyltransferase  27.11 
 
 		 234 aa  48.5  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1723  precorrin-2 C20-methyltransferase / cobalt-factor II C20-methyltransferase  26.04 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1897  precorrin-2 C(20)-methyltransferase  29.73 
 
 		 244 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0632  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.57 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6036  precorrin-2 C20-methyltransferase  29.17 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0482  precorrin-2 C20-methyltransferase / cobalt-factor II C20-methyltransferase  28.4 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1091  cobalt-factor II C20-methyltransferase / precorrin-2 C20-methyltransferase  26.95 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0701  uroporphyrin-III C/tetrapyrrole methyltransferase  21.2 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1781  precorrin-3B C17-methyltransferase  26.82 
 
 		 516 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629094  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1355  cobalt-factor II C20-methyltransferase  27.95 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1321  precorrin-2 C20-methyltransferase  28.57 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2479  precorrin-3B C17-methyltransferase  26.35 
 
 		 500 aa  46.6  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0466913  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0312  precorrin-2 C20-methyltransferase  30.43 
 
 		 224 aa  46.6  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0768  precorrin-2 C20-methyltransferase / cobalt-factor II C20-methyltransferase  27.27 
 
 		 232 aa  45.8  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.982265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1710  cobalt-precorrin-2 C(20)-methyltransferase  24.6 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3020  precorrin-2 methyltransferase  25.61 
 
 		 238 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3652  precorrin-2 C20-methyltransferase  25.75 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>