94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3373 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3373  phytanoyl-CoA dioxygenase  100 
 
 		 274 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.442816  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1037  phytanoyl-CoA dioxygenase  68.82 
 
 		 279 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0855304 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4896  phytanoyl-CoA dioxygenase  68.68 
 
 		 282 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.819022  normal  0.342162 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0074  phytanoyl-CoA dioxygenase  67.67 
 
 		 282 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3228  phytanoyl-CoA dioxygenase  68.3 
 
 		 283 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.348283 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5242  phytanoyl-CoA dioxygenase  67.55 
 
 		 282 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.425206  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5446  phytanoyl-CoA dioxygenase  67.92 
 
 		 282 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.235602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2963  phytanoyl-CoA dioxygenase  68.32 
 
 		 284 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.762779 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5617  phytanoyl-CoA dioxygenase  67.55 
 
 		 282 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752397  normal  0.0823186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4611  phytanoyl-CoA dioxygenase  67.55 
 
 		 282 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361058  hitchhiker  0.00169766 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2273  hypothetical protein  63.77 
 
 		 278 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2245  hypothetical protein  64.12 
 
 		 266 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0472  phytanoyl-CoA dioxygenase  42.48 
 
 		 266 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0402269  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1483  hypothetical protein  43.98 
 
 		 287 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0133  phytanoyl-CoA dioxygenase  39.55 
 
 		 264 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3366  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.17 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3047  phytanoyl-CoA dioxygenase  36.75 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158689  unclonable  0.000000648427 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4327  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.39 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.39 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5715  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.4 
 
 		 276 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6836  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.51 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0909403  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2735  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.64 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5713  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.07 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4363  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.2 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0914  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.85 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5816  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.78 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5044  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.78 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.882889  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2811  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.46 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.14 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.78 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.79 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4837  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.67 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.41 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1372  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.65 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6979  biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin protein  24.54 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4972  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.27 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170605  hitchhiker  0.00000000026195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.23 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.55 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28650  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  24.58 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.82 
 
 		 320 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.58 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43737  phytanoyl-coa dioxygenase  22.78 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.56 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3257  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.16 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.867901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.03 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.78 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.21 
 
 		 273 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_85999  predicted protein  32.14 
 
 		 407 aa  52.8  0.000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.99 
 
 		 261 aa  52.8  0.000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  25 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2518  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.19 
 
 		 276 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.139368  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.66 
 
 		 239 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.82 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0080  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.02 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.5 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.87 
 
 		 281 aa  50.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  22.98 
 
 		 300 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  20.79 
 
 		 299 aa  49.7  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0950  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.04 
 
 		 230 aa  49.7  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.977141  normal  0.257278 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0176  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.26 
 
 		 306 aa  49.3  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.73 
 
 		 253 aa  49.3  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  31.93 
 
 		 257 aa  48.9  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.77 
 
 		 257 aa  48.9  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2162  hypothetical protein  23.55 
 
 		 253 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4738  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.3 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.399659  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6945  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.21 
 
 		 303 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.979271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23361  hypothetical protein  21.38 
 
 		 302 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3421  hypothetical protein  23.55 
 
 		 253 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.757627  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3661  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.3 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.305414 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2927  hypothetical protein  23.46 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.94 
 
 		 293 aa  48.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.44 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.77 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3264  hypothetical protein  23.46 
 
 		 306 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48320  predicted protein  25.29 
 
 		 410 aa  47.4  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0213  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  23.55 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.83 
 
 		 257 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.93 
 
 		 253 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6285  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.39 
 
 		 303 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142673  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1544  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.39 
 
 		 303 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149771  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  31.93 
 
 		 257 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0397  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.05 
 
 		 306 aa  45.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0201  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  23.05 
 
 		 306 aa  45.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0247  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.82 
 
 		 280 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.439609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11261  hypothetical protein  25.99 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0851453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2672  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.38 
 
 		 309 aa  43.9  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1483  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.79 
 
 		 269 aa  43.9  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.44 
 
 		 275 aa  43.5  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4369  hypothetical protein  27.56 
 
 		 253 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.42 
 
 		 254 aa  43.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2489  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.22 
 
 		 309 aa  42.7  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.56 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3845  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.37 
 
 		 267 aa  42.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.44 
 
 		 282 aa  42  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>