More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2986 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  84.97 
 
 		 441 aa  770    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 441 aa  897    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  82.25 
 
 		 441 aa  730    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  83.22 
 
 		 442 aa  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  68.98 
 
 		 327 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  50.16 
 
 		 333 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  50.63 
 
 		 337 aa  294  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  51.03 
 
 		 328 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.17 
 
 		 404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 		 326 aa  259  6e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 		 327 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 		 334 aa  253  6e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 		 334 aa  252  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  43.22 
 
 		 544 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 		 356 aa  242  9e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.6 
 
 		 330 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.42 
 
 		 330 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.68 
 
 		 326 aa  231  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 		 293 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.45 
 
 		 328 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.6 
 
 		 334 aa  209  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  36.45 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 		 355 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 		 314 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 295 aa  152  8e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 		 336 aa  152  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 		 355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 277 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.23 
 
 		 336 aa  146  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 261 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 		 341 aa  143  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 334 aa  143  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 293 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 333 aa  141  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 291 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 342 aa  140  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 291 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 291 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.9 
 
 		 369 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 342 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 346 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  34.08 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  31.69 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 		 334 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 333 aa  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2791  hypothetical protein  61.9 
 
 		 165 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 342 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 		 267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  33.73 
 
 		 236 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 264 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 		 247 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 		 245 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 		 245 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.81 
 
 		 245 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 327 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 245 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  32.4 
 
 		 335 aa  124  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  35.93 
 
 		 327 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.28 
 
 		 247 aa  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 248 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  33.23 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.53 
 
 		 264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 343 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  30.75 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 343 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 		 248 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 343 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 343 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.53 
 
 		 264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.53 
 
 		 264 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 331 aa  120  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 258 aa  119  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 		 246 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 		 260 aa  119  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>