More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2360 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 327 aa  661    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  67.31 
 
 		 441 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  66.24 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  63.98 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  63.98 
 
 		 442 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  49.38 
 
 		 333 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  52.45 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  49.53 
 
 		 337 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 		 326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.2 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.58 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.83 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.66 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.83 
 
 		 334 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.83 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  45.52 
 
 		 544 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 		 328 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.71 
 
 		 356 aa  226  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 		 326 aa  222  6e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 		 334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.14 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.01 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  33.56 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 336 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  30.84 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 267 aa  142  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 		 326 aa  137  4e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 342 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  30.64 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.09 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 248 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 		 258 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  32.41 
 
 		 236 aa  122  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 248 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  40.61 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 331 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.87 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 245 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.21 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 260 aa  119  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 		 246 aa  116  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 		 336 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 		 247 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 247 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  43.45 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  30.64 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 274 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 275 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 239 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 		 240 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 		 239 aa  112  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 		 332 aa  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 		 347 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>