More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2323 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
250 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  98.4 
 
 
250 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  98.8 
 
 
250 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  92.4 
 
 
250 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.13 
 
 
253 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.13 
 
 
253 aa  296  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  55.34 
 
 
253 aa  295  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.47 
 
 
257 aa  289  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.09 
 
 
257 aa  287  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  54.55 
 
 
253 aa  285  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.44 
 
 
255 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  50.62 
 
 
258 aa  242  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  49.39 
 
 
260 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  50 
 
 
258 aa  232  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 
261 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 
263 aa  222  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  48.92 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  45.02 
 
 
254 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.53 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  44.31 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  44.13 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  45.69 
 
 
250 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.89 
 
 
282 aa  209  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  43.03 
 
 
268 aa  208  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  48.76 
 
 
257 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.43 
 
 
254 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  47.93 
 
 
257 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 
277 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  45.02 
 
 
250 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  45.02 
 
 
250 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
250 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  43.36 
 
 
258 aa  199  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 
264 aa  198  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.11 
 
 
250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  42.69 
 
 
258 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.7 
 
 
260 aa  195  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  43.29 
 
 
252 aa  195  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
250 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  42 
 
 
257 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4531  extracellular solute-binding protein family 3  42.23 
 
 
257 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.417135  normal  0.112125 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  41.92 
 
 
263 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  42.91 
 
 
263 aa  191  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  45.02 
 
 
266 aa  191  9e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  44.16 
 
 
266 aa  188  7e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 
265 aa  188  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  42.32 
 
 
256 aa  188  9e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.69 
 
 
259 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  42.74 
 
 
258 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.57 
 
 
257 aa  186  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 
268 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.45 
 
 
258 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  44.3 
 
 
265 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  42.42 
 
 
268 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.74 
 
 
261 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  39.67 
 
 
259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  39.67 
 
 
259 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  38.2 
 
 
294 aa  177  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.74 
 
 
261 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.47 
 
 
258 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.06 
 
 
257 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.74 
 
 
261 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  41.2 
 
 
263 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  41.2 
 
 
263 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 
265 aa  176  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 
261 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.33 
 
 
261 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.45 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 
260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 
255 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2469  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.95 
 
 
256 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.571347 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 
264 aa  171  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 
263 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.21 
 
 
267 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  41.32 
 
 
261 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 
257 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 
262 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5447  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 
267 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111655  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5014  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  43.64 
 
 
256 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  39.82 
 
 
280 aa  165  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3685  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.29 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.304708  normal  0.133024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4522  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  36.29 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3842  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.29 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4897  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 
267 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.569673 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.21 
 
 
243 aa  164  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.21 
 
 
243 aa  164  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.21 
 
 
243 aa  164  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.21 
 
 
243 aa  164  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 
255 aa  164  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7393  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  40.25 
 
 
261 aa  165  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.952149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.21 
 
 
243 aa  164  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2254  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.29 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164207  normal  0.105127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5241  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.421239  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  41.3 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5618  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138566  normal  0.0848132 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4610  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 
267 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232439  hitchhiker  0.000666922 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 
255 aa  162  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.83 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5565  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.29 
 
 
260 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.857563  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.4 
 
 
243 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>