More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0956 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 327 aa  677    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  59.13 
 
 		 326 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  57.89 
 
 		 337 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.79 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  54.71 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  53.4 
 
 		 324 aa  373  1e-102  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  47.32 
 
 		 326 aa  322  5e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  34.86 
 
 		 336 aa  205  9e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.47 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  32.72 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  32.71 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  34.24 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.53 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  30.79 
 
 		 320 aa  153  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.05 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  28.62 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.3 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  27.63 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.4 
 
 		 327 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.23 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.27 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.44 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.69 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.13 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.18 
 
 		 347 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.67 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  25.08 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  27.19 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.85 
 
 		 334 aa  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.93 
 
 		 352 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  32.87 
 
 		 229 aa  102  8e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.23 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.5 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.62 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.83 
 
 		 349 aa  99.8  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  29.1 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  26.57 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  26.84 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.32 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.96 
 
 		 351 aa  94  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.21 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.17 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  26.49 
 
 		 360 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.07 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.19 
 
 		 336 aa  90.9  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.74 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.2 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.8 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.72 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  26.33 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.08 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 313 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.56 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  24.46 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.97 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.57 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.28 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.17 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.92 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  27.62 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.62 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  28.19 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.46 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.85 
 
 		 333 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.01 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.85 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.71 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.8 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  30.16 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  24.04 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.92 
 
 		 233 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.84 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.53 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.15 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.58 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.28 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  27.94 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.87 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.87 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.03 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.09 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.32 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.17 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  23.57 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.5 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.25 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  26.78 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.32 
 
 		 232 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  21.99 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>