139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0910 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  100 
 
 		 330 aa  652    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  87.58 
 
 		 330 aa  570  1.0000000000000001e-162  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  76.97 
 
 		 331 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  80.3 
 
 		 330 aa  504  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  78.59 
 
 		 331 aa  497  1e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  78.06 
 
 		 330 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  38.32 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  37.57 
 
 		 347 aa  176  6e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  38.41 
 
 		 345 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  29.6 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  29.6 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  30.06 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.99 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  30.31 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  28.66 
 
 		 313 aa  89.4  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  31.21 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  29.1 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  27.55 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.24 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  27.24 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  28.62 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  29.32 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  27.94 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  27.24 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  27.24 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.24 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  27.69 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  27.24 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  27.24 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  27.13 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.62 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  27.24 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  25.94 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.3 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.74 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.66 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.3 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  27.33 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.3 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  27.33 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  27.33 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  26.73 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  27.44 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  27.01 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  27.19 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  25.89 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  27.01 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  26.09 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  27.36 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  28.82 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  27.36 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  25.9 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  26.93 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  27.1 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  26.5 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  27.91 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  27.36 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  25.32 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0610  Polysulphide reductase NrfD  31.29 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  27.78 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  26.6 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  26.88 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  31.3 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  26.54 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  26.6 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  26.5 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  24.84 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  26.92 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  26.6 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  26.77 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.07 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  29.97 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  25.16 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  25.07 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  27.39 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  26.28 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  24.53 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  26.92 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  25.24 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  25.63 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  25.55 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  24.92 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  28.38 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  24.92 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  24.92 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  30.38 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  25.79 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  24.92 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  24.92 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  24.92 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  26.65 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.31 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5602  polysulphide reductase, NrfD  29.83 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0832881  normal  0.536935 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5278  Polysulphide reductase NrfD  29.95 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.36 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2179  Polysulphide reductase NrfD  28.5 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  24.7 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  24.76 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  28.53 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>