136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0487 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 
315 aa  625  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  82.22 
 
 
315 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  83.49 
 
 
315 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  79.05 
 
 
315 aa  497  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  82.86 
 
 
315 aa  500  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  76.19 
 
 
315 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  79.05 
 
 
315 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  77.78 
 
 
315 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  78.14 
 
 
311 aa  478  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  79.42 
 
 
315 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  78.73 
 
 
315 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  78.1 
 
 
315 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  78.41 
 
 
315 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  49.84 
 
 
309 aa  295  9e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  51.75 
 
 
318 aa  290  2e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  46.75 
 
 
314 aa  252  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  46 
 
 
313 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  46.75 
 
 
314 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  44.77 
 
 
313 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  46.43 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  44.31 
 
 
328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  45.78 
 
 
314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  43 
 
 
313 aa  231  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  45.31 
 
 
315 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  45.31 
 
 
315 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  45.31 
 
 
315 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  44.7 
 
 
315 aa  228  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  44.98 
 
 
315 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  39.62 
 
 
313 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.79 
 
 
320 aa  192  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  38.39 
 
 
313 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.81 
 
 
320 aa  186  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  38.34 
 
 
313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.19 
 
 
313 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  37.97 
 
 
316 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  34.63 
 
 
323 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  42.12 
 
 
315 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  34.3 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.34 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  36.3 
 
 
321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  33.98 
 
 
318 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.44 
 
 
313 aa  169  6e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  38.19 
 
 
313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.98 
 
 
313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  37.79 
 
 
313 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  37.79 
 
 
313 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.79 
 
 
313 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  33.65 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  33.88 
 
 
318 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.88 
 
 
318 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  39.16 
 
 
313 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  33.88 
 
 
318 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  33.88 
 
 
318 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  33.88 
 
 
318 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  33.88 
 
 
318 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  33.88 
 
 
318 aa  162  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.11 
 
 
318 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  39.16 
 
 
313 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  38.59 
 
 
313 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.88 
 
 
318 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  33.55 
 
 
318 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  38.51 
 
 
313 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.57 
 
 
324 aa  160  4e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.04 
 
 
318 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.52 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.06 
 
 
313 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  34.84 
 
 
322 aa  154  2e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  33.99 
 
 
318 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  32.9 
 
 
318 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  32.58 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.44 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  36.07 
 
 
311 aa  140  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.22 
 
 
320 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.39 
 
 
320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  32.04 
 
 
317 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  28.75 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  29.67 
 
 
288 aa  90.9  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  30.54 
 
 
288 aa  89.4  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  28.67 
 
 
297 aa  89  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  26.77 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  31.35 
 
 
297 aa  77.8  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  28.38 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.97 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  27.1 
 
 
298 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  30.52 
 
 
304 aa  72.4  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  26.17 
 
 
331 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  34 
 
 
292 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  26.14 
 
 
290 aa  68.6  0.0000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.94 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  25.79 
 
 
330 aa  67  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  26.8 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.43 
 
 
294 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.25 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  28.31 
 
 
334 aa  62.8  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.99 
 
 
287 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1709  polysulphide reductase, NrfD  22.68 
 
 
397 aa  61.6  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0260794  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3577  Polysulphide reductase NrfD  31.02 
 
 
361 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.629636  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1498  polysulphide reductase, NrfD  25.27 
 
 
290 aa  60.1  0.00000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00036667 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5278  Polysulphide reductase NrfD  33.52 
 
 
323 aa  58.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  27.56 
 
 
348 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>