121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0516 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  100 
 
 		 313 aa  619  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  84.03 
 
 		 313 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  82.43 
 
 		 313 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  81.15 
 
 		 313 aa  503  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  69.23 
 
 		 313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  67.41 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  70.38 
 
 		 316 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  68.91 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  68.91 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  68.91 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  67.41 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  67.41 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  67.41 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  67.41 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  67.09 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  70.1 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  69.45 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  48.26 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  49.68 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  47.95 
 
 		 323 aa  288  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.91 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.91 
 
 		 320 aa  262  6e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.23 
 
 		 320 aa  261  8.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.51 
 
 		 318 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.23 
 
 		 318 aa  256  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.77 
 
 		 318 aa  255  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  45.45 
 
 		 318 aa  255  8e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  45.45 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  45.14 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.14 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  45.14 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  45.14 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  45.14 
 
 		 318 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  45.14 
 
 		 318 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.51 
 
 		 318 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.83 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  44.83 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.83 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.98 
 
 		 320 aa  241  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  39.87 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  38.56 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  39.74 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  39.54 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  38.29 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  39.22 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  39.22 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  37.25 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.4 
 
 		 309 aa  189  8e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  40.39 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  40.39 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  40.07 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  39.41 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  40.39 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  41.98 
 
 		 317 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  39.81 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  37.46 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  38.11 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  37.94 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  36.88 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  37.86 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  37.99 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  36.93 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  36.77 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  36.77 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  36.27 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  38.19 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.03 
 
 		 311 aa  164  3e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  36.84 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  36.69 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  35.58 
 
 		 315 aa  155  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  36.89 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  36.57 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  37.05 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.94 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  32.91 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.61 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  31.15 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.86 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  30.67 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  31.08 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.39 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  26.33 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.6 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  29.34 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  30.03 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  29.5 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.74 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  30.14 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  27.41 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  31.73 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  30.42 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  27.22 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  29.62 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  28.13 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  26.22 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  27.12 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  27.49 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.69 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  26.83 
 
 		 400 aa  63.5  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>