121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3762 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 313 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  99.36 
 
 		 313 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  99.04 
 
 		 313 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  96.17 
 
 		 313 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  93.27 
 
 		 313 aa  552  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  92.63 
 
 		 313 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  91.67 
 
 		 313 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  91.67 
 
 		 313 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  91.67 
 
 		 313 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  79.81 
 
 		 313 aa  501  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  71.47 
 
 		 313 aa  448  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  69.87 
 
 		 313 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  70.51 
 
 		 313 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  68.91 
 
 		 313 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  66.88 
 
 		 316 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  68.17 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  68.49 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  49.52 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  47.48 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  47.17 
 
 		 323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.16 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  44.76 
 
 		 318 aa  241  7.999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  44.76 
 
 		 318 aa  241  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.53 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.9 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  44.44 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.44 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  44.44 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  44.44 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  44.44 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.13 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.51 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  44.13 
 
 		 318 aa  235  8e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.76 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  44.76 
 
 		 318 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.76 
 
 		 318 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.76 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.24 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  42.16 
 
 		 314 aa  212  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  39.41 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  37.58 
 
 		 321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  41.5 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  41.83 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  41.5 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.19 
 
 		 320 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  38.56 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  41.04 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.39 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  41.04 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  41.23 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  40.72 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  38.24 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  37.74 
 
 		 315 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  39.55 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  39.23 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  39.16 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  37.15 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  35.56 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  36.77 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.33 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  39.55 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  36.28 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  36.42 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  39.48 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  36.86 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.68 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  38.99 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  38.39 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  39.74 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  37.22 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  35.78 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  35.96 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  35.28 
 
 		 315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  36.13 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  32.92 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.16 
 
 		 288 aa  96.3  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.9 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.05 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  31.17 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.81 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.46 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  28.61 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  30.71 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  27.76 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  26.5 
 
 		 330 aa  67  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  26.71 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.31 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  30.6 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  26.39 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  26.81 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  31.98 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  25.79 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.94 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.83 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  28.62 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  29.74 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.41 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1837  Polysulphide reductase NrfD  29.29 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2179  sulfur reductase, membrane subunit, putative  29.29 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.247784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>