145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2001 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 313 aa  619  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  77.88 
 
 		 313 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  77.32 
 
 		 313 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  76.11 
 
 		 314 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  77.07 
 
 		 314 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  77.46 
 
 		 315 aa  461  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  77.14 
 
 		 315 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  76.11 
 
 		 314 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  76.43 
 
 		 314 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  77.14 
 
 		 315 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  76.83 
 
 		 315 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  76.83 
 
 		 315 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  61.03 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  54.89 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  46.53 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  44.3 
 
 		 315 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  46.23 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  41.19 
 
 		 323 aa  228  8e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  46.91 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  46.25 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  46.25 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  40.98 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  40.84 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  44.34 
 
 		 315 aa  215  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  46.25 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  44.01 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  42.41 
 
 		 324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  39.48 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.68 
 
 		 318 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  39.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  39.35 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  38.93 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  41.16 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  38.56 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.89 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.51 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  38.56 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  37.42 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  44.85 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  39.81 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  40.19 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.51 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  39.81 
 
 		 316 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.39 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  43.27 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  42.24 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  42.48 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.24 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  42.17 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.39 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  36.45 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  36.45 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.45 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.13 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.51 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  38.51 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.19 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.19 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  36.13 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  36.27 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.62 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  36.27 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  36.27 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  40.07 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.23 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.62 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.56 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.98 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.46 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  32.37 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.27 
 
 		 288 aa  93.2  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.66 
 
 		 323 aa  93.2  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  28.53 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  30.93 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  29.21 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.2 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  27.83 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  29.23 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  25.52 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  28.21 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  28.62 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  29.28 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  27.45 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  27.88 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  28.8 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  27.21 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  28.71 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  30 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  25.69 
 
 		 400 aa  69.7  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.01 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  32.12 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  26.06 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  28.35 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  23.3 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  26.96 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>