123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2904 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  100 
 
 
313 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  95.51 
 
 
313 aa  529  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  78.48 
 
 
316 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  71.38 
 
 
313 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  71.06 
 
 
313 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  68.49 
 
 
313 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  70.74 
 
 
313 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  68.06 
 
 
313 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  69.45 
 
 
313 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  69.13 
 
 
313 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  68.49 
 
 
313 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  68.49 
 
 
313 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  68.81 
 
 
313 aa  388  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  68.81 
 
 
313 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  68.81 
 
 
313 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  68.49 
 
 
313 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  68.81 
 
 
313 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  51.45 
 
 
318 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  49.84 
 
 
323 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  48.9 
 
 
323 aa  265  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  47.45 
 
 
318 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.45 
 
 
318 aa  249  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  47.45 
 
 
318 aa  249  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  47.45 
 
 
318 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  47.45 
 
 
318 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  47.45 
 
 
318 aa  248  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.45 
 
 
318 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  47.45 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  47.45 
 
 
318 aa  248  7e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.57 
 
 
320 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.13 
 
 
318 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.25 
 
 
320 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.09 
 
 
318 aa  238  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.09 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  48.1 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.09 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.62 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.4 
 
 
318 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  42.35 
 
 
314 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  42.02 
 
 
313 aa  201  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.17 
 
 
320 aa  202  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  42.16 
 
 
313 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  42.02 
 
 
314 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  41.69 
 
 
314 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  39.48 
 
 
321 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  42.02 
 
 
314 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  41.88 
 
 
315 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  41.88 
 
 
315 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  41.88 
 
 
315 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.58 
 
 
315 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  41.56 
 
 
315 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  38.76 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  38.89 
 
 
315 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  37.91 
 
 
313 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  38.8 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  39.05 
 
 
322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  36.22 
 
 
328 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  38.54 
 
 
309 aa  169  6e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  37.78 
 
 
315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  42.45 
 
 
317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  35.81 
 
 
311 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  35.48 
 
 
315 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  36.16 
 
 
315 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  39.61 
 
 
315 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  37.34 
 
 
315 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  37.14 
 
 
315 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  36.62 
 
 
315 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  40.51 
 
 
311 aa  154  1e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  37.91 
 
 
318 aa  155  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 
315 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  35.81 
 
 
315 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  36.66 
 
 
315 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  36.01 
 
 
315 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  38.49 
 
 
324 aa  142  5e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  33.76 
 
 
345 aa  93.6  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  35.32 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.67 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  34.69 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  29.81 
 
 
297 aa  80.5  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.64 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  32.03 
 
 
297 aa  74.7  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  32.17 
 
 
313 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.65 
 
 
304 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  31.43 
 
 
348 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.03 
 
 
294 aa  67  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  29 
 
 
287 aa  67  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  25.95 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  28.12 
 
 
330 aa  63.2  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  26.65 
 
 
331 aa  62.4  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  29.49 
 
 
304 aa  59.7  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.84 
 
 
304 aa  59.3  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  26.27 
 
 
347 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  34.02 
 
 
334 aa  57.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  28.92 
 
 
292 aa  56.6  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  27.71 
 
 
290 aa  55.5  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  28.12 
 
 
330 aa  53.9  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1792  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.07 
 
 
565 aa  53.9  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  25.84 
 
 
304 aa  53.9  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1637  Polysulphide reductase NrfD  29.71 
 
 
285 aa  53.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000405044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>