120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0798 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  100 
 
 		 320 aa  629  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  87.81 
 
 		 320 aa  523  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  63.04 
 
 		 318 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  60.78 
 
 		 318 aa  363  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  51.85 
 
 		 320 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  51.85 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  53.11 
 
 		 318 aa  296  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  53.11 
 
 		 318 aa  296  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  52.8 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  52.8 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  52.8 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  52.8 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  52.19 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  52.8 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  52.48 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  50.93 
 
 		 318 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  50.46 
 
 		 318 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  50.46 
 
 		 318 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  50.15 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  50.15 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  47.19 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  47.37 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  45.51 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  46.3 
 
 		 323 aa  255  6e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  43.57 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  44.2 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  45.45 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  43.26 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  43.3 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.57 
 
 		 313 aa  242  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  44.1 
 
 		 313 aa  235  9e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  44.1 
 
 		 313 aa  235  9e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.1 
 
 		 313 aa  235  9e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.48 
 
 		 313 aa  232  6e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  43.17 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  44.38 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  43.3 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  42.99 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  42.99 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  46.37 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  46.06 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  39.68 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  38.06 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  38.39 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  37.42 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  38.59 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  38.59 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  38.59 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  38.26 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  38.29 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  35.78 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  36.98 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  35.6 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  37.7 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.01 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  37.86 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  35.03 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  35.35 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  35.58 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  37.05 
 
 		 309 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  33.33 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  33.23 
 
 		 328 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  35.24 
 
 		 322 aa  158  9e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  35.9 
 
 		 315 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  36.36 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  34.62 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  35.46 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  34.41 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  34.49 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  35.6 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  34.6 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  35.95 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  35.62 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  29.97 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  31.13 
 
 		 345 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.66 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.55 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.28 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  29.87 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  28.66 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  26.09 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  27.98 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  25.22 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  24.84 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  29.06 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  31.11 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  26.3 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  25.76 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  29.8 
 
 		 347 aa  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  25.83 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.81 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  28.83 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  26.78 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  26.15 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  28.64 
 
 		 391 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  24.4 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  27.78 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  31.21 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>