121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3984 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 298 aa  590  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  71.14 
 
 		 298 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  28.35 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  28.05 
 
 		 348 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  27.61 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  24.78 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  26.01 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  28.66 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  24.92 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  27.71 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  29.19 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  29.09 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  27.81 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  28.7 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  27.19 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  27.5 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  28.35 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  27.44 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  26.01 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  26.81 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  27.13 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  25.78 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.55 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  27.64 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  27.41 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  29.06 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  28.35 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.15 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  25.31 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  25.46 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  25.8 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  24.92 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  27.05 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  28 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  25.98 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.99 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  26.9 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  26.99 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  25.78 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  26.09 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  27.91 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  27.91 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  27.91 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  23.66 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.08 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  26.27 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  23.03 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  23.85 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  27.1 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0610  Polysulphide reductase NrfD  27.69 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  30.26 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  27.64 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  25.71 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2179  Polysulphide reductase NrfD  24.34 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.24 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  26.32 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  23.19 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  26.9 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  26.22 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  23.05 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  21.5 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  25.23 
 
 		 331 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  23.82 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  23.69 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1229  Polysulphide reductase NrfD  26.58 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  23.38 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  23.38 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  23.38 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  23.38 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  23.38 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  27.16 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  25.95 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.25 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  23.38 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  23.38 
 
 		 318 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  25.45 
 
 		 330 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  25.54 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  26.11 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  26.25 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  26.25 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  25.61 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.08 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.54 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.25 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  26.3 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0481  Polysulphide reductase NrfD  26.82 
 
 		 413 aa  53.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  26.71 
 
 		 313 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  26.63 
 
 		 313 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  25.62 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  27.1 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  24.77 
 
 		 316 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  26.22 
 
 		 334 aa  51.6  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  25.79 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  24.02 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1207  Polysulphide reductase NrfD  25.32 
 
 		 305 aa  50.4  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  22.84 
 
 		 317 aa  50.4  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.01 
 
 		 318 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  25.7 
 
 		 318 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.22 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1180  Polysulphide reductase NrfD  26.41 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>