126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0242 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  100 
 
 
313 aa  618  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  85.62 
 
 
313 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  83.39 
 
 
313 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  81.15 
 
 
313 aa  499  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  69.87 
 
 
313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  69.97 
 
 
313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  71.97 
 
 
316 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  71.25 
 
 
313 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  70.51 
 
 
313 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  70.19 
 
 
313 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  69.65 
 
 
313 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  69.65 
 
 
313 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  69.33 
 
 
313 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  69.65 
 
 
313 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  70.19 
 
 
313 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  70.42 
 
 
313 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  70.74 
 
 
313 aa  394  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  49.35 
 
 
318 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  48.26 
 
 
323 aa  293  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  47.63 
 
 
323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.6 
 
 
320 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.43 
 
 
320 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.88 
 
 
318 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.43 
 
 
318 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.37 
 
 
318 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  46.06 
 
 
318 aa  252  7e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  46.06 
 
 
318 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  45.74 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.74 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  45.74 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  45.74 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  45.74 
 
 
318 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  45.11 
 
 
318 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.15 
 
 
318 aa  243  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.43 
 
 
318 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.43 
 
 
318 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.43 
 
 
318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  45.43 
 
 
318 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.55 
 
 
320 aa  238  9e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.38 
 
 
320 aa  215  9e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  41.83 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  41.42 
 
 
313 aa  209  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  41.18 
 
 
314 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  41.18 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  40.85 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  41.61 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  41.04 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  40.97 
 
 
315 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  40.97 
 
 
315 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  39.03 
 
 
321 aa  196  5.000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.39 
 
 
315 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  40.32 
 
 
315 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 
313 aa  189  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  38.46 
 
 
328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  40.89 
 
 
315 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.87 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  39.42 
 
 
315 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.39 
 
 
311 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  36.68 
 
 
323 aa  170  3e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  38.06 
 
 
315 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  36.13 
 
 
322 aa  169  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  37.54 
 
 
315 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  39.88 
 
 
317 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  39.94 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  36.62 
 
 
315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  38.05 
 
 
315 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  39.12 
 
 
315 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  38.14 
 
 
315 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.42 
 
 
311 aa  159  4e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  38.98 
 
 
315 aa  155  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  38.06 
 
 
315 aa  148  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  36.62 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  36.77 
 
 
318 aa  144  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.56 
 
 
324 aa  143  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  34.71 
 
 
315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  30.82 
 
 
345 aa  96.7  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  31.48 
 
 
288 aa  96.3  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.29 
 
 
311 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  30.1 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  34.34 
 
 
294 aa  87.4  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.48 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  28.9 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  28.62 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.56 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  30 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  26.35 
 
 
304 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  29.47 
 
 
297 aa  73.9  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  28.01 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  25.84 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  26.35 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  29.45 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.18 
 
 
297 aa  68.6  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  27.41 
 
 
347 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  26.91 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  30.28 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.67 
 
 
334 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.62 
 
 
313 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  26.05 
 
 
400 aa  63.2  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  28.57 
 
 
314 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  27.27 
 
 
330 aa  61.6  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>