123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4568 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  100 
 
 		 313 aa  617  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  97.12 
 
 		 313 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  96.17 
 
 		 313 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  96.17 
 
 		 313 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  93.91 
 
 		 313 aa  556  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  92.63 
 
 		 313 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  91.67 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  91.67 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  91.67 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  79.81 
 
 		 313 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  73.4 
 
 		 313 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  70.51 
 
 		 313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  69.23 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  69.87 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  67.2 
 
 		 316 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  68.49 
 
 		 313 aa  381  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  68.49 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  48.88 
 
 		 318 aa  290  3e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  47.17 
 
 		 323 aa  285  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  46.86 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.16 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.71 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  45.4 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  45.4 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  45.08 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  45.08 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  45.08 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  45.08 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.44 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  44.76 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.85 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.22 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.19 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.08 
 
 		 318 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.24 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  42.16 
 
 		 314 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  39.22 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  41.83 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  41.5 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  41.5 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.63 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  38.89 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  37.3 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  38.89 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.39 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  41.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  41.04 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  41.37 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  41.56 
 
 		 315 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  37.74 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  37.15 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  36.19 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  36.69 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.33 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.59 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  38.44 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  38.51 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  36.31 
 
 		 322 aa  168  9e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  35.48 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  38.51 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  38.99 
 
 		 317 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  38.44 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  35.48 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  38.06 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.03 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  38.44 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  36.25 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.48 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  34.95 
 
 		 315 aa  142  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  35.26 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  35.39 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  32.48 
 
 		 345 aa  105  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  31.45 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.03 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.37 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  29.87 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.15 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.81 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  31.79 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  34.12 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  27.64 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  26.5 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.27 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  31.03 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.31 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  33.14 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  26.73 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  25.79 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.59 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.94 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  27.88 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.02 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  28.26 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  30.48 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1837  Polysulphide reductase NrfD  29.88 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2179  sulfur reductase, membrane subunit, putative  29.88 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.247784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>