115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3245 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 
298 aa  589  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  71.14 
 
 
298 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  28.29 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.66 
 
 
294 aa  82.4  0.000000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  28.88 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  28.4 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  28.57 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  30.86 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  29.75 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  27.41 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  28.92 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.66 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  25.55 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  28.85 
 
 
288 aa  76.6  0.0000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  29.79 
 
 
324 aa  75.9  0.0000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  27.86 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  30.12 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.73 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  27.62 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  26.81 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  30.12 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  30.06 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  27.81 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  28.35 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  27.39 
 
 
297 aa  72.8  0.000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  30.12 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  30.12 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  28.03 
 
 
288 aa  72  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  27.27 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  30.12 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  30.12 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  30.12 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  26.96 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  27.41 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  27.55 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  26.09 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  30.04 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  26.56 
 
 
313 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  27.27 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  27.46 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  24.7 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  27.86 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  28.06 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.24 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  24.83 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  28.22 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  23.73 
 
 
323 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  30.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  28.62 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  25.31 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  27.9 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  25.6 
 
 
328 aa  65.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  26.58 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  27.63 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  29.27 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.67 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.99 
 
 
318 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  24.3 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  30.03 
 
 
313 aa  63.5  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  27.67 
 
 
318 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  27.58 
 
 
313 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  28.1 
 
 
313 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  28.1 
 
 
313 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.1 
 
 
313 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  28.57 
 
 
315 aa  62.8  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  26.22 
 
 
318 aa  62.8  0.000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  27.58 
 
 
313 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  27.27 
 
 
315 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.79 
 
 
313 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  27.1 
 
 
318 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  29.7 
 
 
313 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  27.3 
 
 
314 aa  61.2  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2179  Polysulphide reductase NrfD  24.26 
 
 
345 aa  60.8  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  27.33 
 
 
315 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  27.33 
 
 
315 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  27.22 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  26.43 
 
 
313 aa  59.3  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.9 
 
 
320 aa  59.3  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  27.74 
 
 
313 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  27.02 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  28.03 
 
 
320 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  29.72 
 
 
313 aa  57  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  27.69 
 
 
316 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  25.8 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  24.69 
 
 
322 aa  57  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  25.65 
 
 
314 aa  57  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.13 
 
 
297 aa  57  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  26.2 
 
 
334 aa  56.2  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  29.53 
 
 
299 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  22.62 
 
 
391 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  26.51 
 
 
292 aa  53.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  26.11 
 
 
313 aa  52.8  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  25.08 
 
 
315 aa  52.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  25 
 
 
321 aa  51.2  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1888  Polysulphide reductase NrfD  26.24 
 
 
307 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  23.69 
 
 
317 aa  50.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.12 
 
 
304 aa  48.5  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.21 
 
 
287 aa  47.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  26.81 
 
 
315 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.74 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>