138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0353 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  79.05 
 
 		 315 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  74.6 
 
 		 315 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  81.59 
 
 		 315 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  74.29 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  80.95 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  78.41 
 
 		 315 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  78.41 
 
 		 315 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  78.73 
 
 		 315 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  74.92 
 
 		 315 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  73.97 
 
 		 315 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  74.28 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  74.6 
 
 		 315 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  50.31 
 
 		 309 aa  300  3e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  52.83 
 
 		 318 aa  299  5e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  44.77 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  45.45 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  45.45 
 
 		 314 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  44.95 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  45.62 
 
 		 328 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  44.3 
 
 		 314 aa  228  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  42.81 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  45.16 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  45.16 
 
 		 315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  44.41 
 
 		 315 aa  225  6e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  44.81 
 
 		 315 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  43.46 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  45.16 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.31 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.48 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  37.7 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  37.38 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  38.59 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.18 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  38.85 
 
 		 316 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.36 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  37.22 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.22 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  36.66 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  37.22 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  37.22 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  37.22 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  41.99 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.89 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  36.89 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  36.89 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  36.89 
 
 		 318 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.86 
 
 		 313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  34.64 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  36.01 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.95 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  35.62 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  35.53 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.62 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.62 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  39.61 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  38.29 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  36.54 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  38.29 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.38 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  37.66 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.77 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  39.61 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  36.45 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  36.45 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.45 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  34.63 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.81 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.51 
 
 		 324 aa  155  6e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  32.37 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  33.75 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  36.18 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  32.36 
 
 		 320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.73 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  32.04 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.66 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  28.85 
 
 		 345 aa  89.7  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  30.89 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  31.02 
 
 		 297 aa  82.4  0.00000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.36 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  27.52 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  28.12 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  27.36 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  26.16 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  34.2 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  32 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  28.17 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  30.48 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  27.62 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  25.16 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.21 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.98 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1498  polysulphide reductase, NrfD  24.82 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00036667 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  26.24 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  26.3 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  24.62 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  23.86 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  28.03 
 
 		 287 aa  57  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.11 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.71 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>