143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0606 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 313 aa  620  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  81.73 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  81.53 
 
 		 314 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  81.85 
 
 		 314 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  81.85 
 
 		 314 aa  489  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  80.89 
 
 		 314 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  81.27 
 
 		 315 aa  485  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  77.32 
 
 		 313 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  80.63 
 
 		 315 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  80.32 
 
 		 315 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  80.63 
 
 		 315 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  80.32 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  63.14 
 
 		 328 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  52.05 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  47.02 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  45.42 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  45.67 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  44.33 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  41.9 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  45.33 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  44.33 
 
 		 315 aa  228  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  41.19 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  42.59 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  43.49 
 
 		 323 aa  226  6e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  44.33 
 
 		 315 aa  225  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  44.63 
 
 		 315 aa  220  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  41.18 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  40.72 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  45.33 
 
 		 315 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  42.22 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.1 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  45.64 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  38.71 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  39.22 
 
 		 313 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  41.33 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  42.26 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.96 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  40.25 
 
 		 322 aa  209  3e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  42.26 
 
 		 316 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  38.06 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  39.74 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  44.37 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.06 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  37.74 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.74 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  37.74 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  37.74 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  37.74 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  37.74 
 
 		 318 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.61 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  37.74 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  41.83 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  44.3 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  40 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  40 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.68 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  40.68 
 
 		 324 aa  199  7e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  43.23 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  38.89 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  44.3 
 
 		 313 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  38.89 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  38.89 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  38.39 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  39.94 
 
 		 318 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.94 
 
 		 318 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.61 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.61 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  42.81 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  38.05 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.85 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.35 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.06 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  39.35 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  33.87 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.82 
 
 		 288 aa  99.8  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  33.33 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  29.69 
 
 		 311 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  30.23 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  32.81 
 
 		 323 aa  90.5  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  30.27 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  30.24 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  30.19 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  25.91 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  31.07 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  28.83 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  33.33 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  26.09 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.92 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  25.98 
 
 		 400 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  25.67 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  30.94 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  28.16 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  25.36 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1494  respiratory nitrite reductase specific menaquinol--cytochrome-c reductase complex subunit NrfD  33.53 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0589179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  23.38 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  26.35 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  24.66 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.44 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  26.86 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>