121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0243 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 		 313 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  86.26 
 
 		 313 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  83.39 
 
 		 313 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  84.03 
 
 		 313 aa  511  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  70.51 
 
 		 313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  69.01 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  73.57 
 
 		 316 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  71.25 
 
 		 313 aa  420  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  70.29 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  70.29 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  70.29 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  70.19 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  70.19 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  72.99 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  69.97 
 
 		 313 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  69.87 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  71.38 
 
 		 313 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  48.26 
 
 		 323 aa  291  7e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  47.95 
 
 		 323 aa  289  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  49.36 
 
 		 318 aa  288  7e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.62 
 
 		 318 aa  262  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.97 
 
 		 320 aa  256  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.28 
 
 		 320 aa  255  7e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.94 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.31 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  45 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.38 
 
 		 318 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  45 
 
 		 318 aa  249  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  44.69 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.69 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  44.69 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  44.69 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  44.69 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  44.69 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.06 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.79 
 
 		 320 aa  238  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.38 
 
 		 318 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  44.38 
 
 		 318 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.38 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  41.96 
 
 		 320 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  40.85 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  39.22 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  40.07 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  40.52 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  40.52 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  40.52 
 
 		 314 aa  198  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  37.78 
 
 		 321 aa  196  6e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  38.24 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.07 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  40.58 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  40.58 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  40.58 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  40.26 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  38.46 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  38.91 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  39.67 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  39.3 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  37.58 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  38.1 
 
 		 315 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  35.9 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  38.64 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  36.77 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  36.13 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  35.14 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  36.54 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  38.1 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  36.77 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  38.63 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  38.34 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  39.03 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  37.46 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  35.67 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  38.34 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  35.87 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  37.46 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  31.19 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  31.27 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  31.09 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.9 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.8 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  26.33 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  27.94 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.56 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  28.8 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  29.22 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  27.67 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.48 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  30.57 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  26.33 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.39 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  26.67 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  33.94 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  28.93 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  26.09 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  31.25 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.8 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  27.33 
 
 		 400 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  25.64 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2388  Polysulphide reductase NrfD  27.02 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.31766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1637  Polysulphide reductase NrfD  29.41 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000405044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>