133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003117 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  100 
 
 		 323 aa  641    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  95.36 
 
 		 323 aa  620  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  75.54 
 
 		 318 aa  485  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  47.95 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  47.95 
 
 		 313 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  46.86 
 
 		 313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  50.79 
 
 		 316 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.95 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.84 
 
 		 320 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  46.06 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.53 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  45.28 
 
 		 318 aa  272  6e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  47.63 
 
 		 313 aa  272  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.03 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.48 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  47.17 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.17 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  47.17 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  47.17 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  47.17 
 
 		 318 aa  265  5e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.95 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  47.17 
 
 		 318 aa  265  7e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  47.17 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  47.17 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  46.71 
 
 		 318 aa  263  3e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  46.86 
 
 		 313 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  46.69 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  46.69 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.69 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.37 
 
 		 313 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  46.23 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  48.58 
 
 		 318 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.58 
 
 		 318 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  46.06 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.58 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.58 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  49.84 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.08 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  48.9 
 
 		 313 aa  229  5e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.12 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  43.17 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  41.85 
 
 		 321 aa  205  8e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  42.12 
 
 		 314 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  41.59 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  40.24 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  42.12 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  40.84 
 
 		 313 aa  194  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  42.12 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  42.36 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  41.8 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  42.04 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  42.04 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  42.31 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  41.77 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.75 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  35.81 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  37.34 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  35.28 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  37.99 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  37.42 
 
 		 322 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  35.28 
 
 		 311 aa  168  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  34.97 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  34.95 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  35.28 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  34.95 
 
 		 315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  35.28 
 
 		 315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  37.85 
 
 		 324 aa  155  7e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  36.19 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  35.24 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  36.45 
 
 		 315 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  35.48 
 
 		 315 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  34.3 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  34.63 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  33.44 
 
 		 311 aa  135  8e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  36.16 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  31.13 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.87 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.73 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.49 
 
 		 288 aa  92.4  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  29.48 
 
 		 347 aa  84  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  26.63 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  29.39 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  27.95 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  29.09 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  28.53 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.46 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  27.44 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  28.07 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  26.6 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  27.76 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  26.96 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  29.13 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  26.74 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  25.48 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  27.81 
 
 		 345 aa  62.4  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  28.06 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2456  Polysulphide reductase NrfD  30.24 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  28.4 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1888  Polysulphide reductase NrfD  25 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  25.6 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>