139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0484 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  100 
 
 		 311 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  98.71 
 
 		 315 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  95.82 
 
 		 315 aa  590  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  96.46 
 
 		 315 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  96.78 
 
 		 315 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  82.32 
 
 		 315 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  74.92 
 
 		 315 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  78.14 
 
 		 315 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  78.46 
 
 		 315 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  76.21 
 
 		 315 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  74.6 
 
 		 315 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  74.6 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  74.28 
 
 		 315 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  53.35 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  51.28 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  46.69 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  48.69 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  48.69 
 
 		 314 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  46.44 
 
 		 328 aa  229  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  45.67 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  48.36 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  46.08 
 
 		 313 aa  225  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  47.85 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  47.37 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  47.37 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  47.04 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  47.04 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  47.04 
 
 		 315 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  40.97 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.34 
 
 		 320 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  36.18 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  37.82 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.04 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  36.01 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  38.41 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  38.92 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  39.09 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  35.28 
 
 		 323 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  42.76 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.95 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  38.56 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  36.84 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  34.53 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  40.26 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.53 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  34.53 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  34.53 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  39.3 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.97 
 
 		 318 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  38.98 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.83 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  34.97 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  38.66 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  38.51 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  38.51 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.64 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  38.51 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  34.97 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  38.44 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  33.01 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  34.81 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  36.07 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  36.54 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  35.05 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  37.03 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.82 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  37.5 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  35.58 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  32.68 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  37.7 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  30.06 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  31.25 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.24 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0343  polysulphide reductase, NrfD  29.13 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.443953  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  28 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  32.9 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  32.95 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  27.76 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  28.76 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  33.84 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  28.57 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.75 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  29.44 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  29.19 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  27.73 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0618  formate-dependent nitrite reductase membrane component-like  27.39 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0787087  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  27.36 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0936  polysulphide reductase, NrfD  28.99 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00000369278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2402  Polysulphide reductase NrfD  29.09 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000296698  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  30.67 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2141  Polysulphide reductase NrfD  27.14 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0724041  normal  0.879505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  28.53 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  28.04 
 
 		 334 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  26.96 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1068  polysulphide reductase NrfD  32.66 
 
 		 352 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177902 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>