131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2000 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  100 
 
 		 318 aa  620  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  75.54 
 
 		 323 aa  485  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  74.61 
 
 		 323 aa  485  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3965  polysulphide reductase NrfD  50.96 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0613  polysulphide reductase, NrfD  50.8 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4568  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  48.88 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0243  polysulphide reductase, NrfD  49.36 
 
 		 313 aa  288  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0242  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.35 
 
 		 313 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.69 
 
 		 320 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.32 
 
 		 320 aa  280  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0516  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  49.68 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3561  polysulphide reductase, NrfD  49.36 
 
 		 316 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.90261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.1 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4283  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.04 
 
 		 313 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.137693 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47 
 
 		 318 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3762  polysulphide reductase, NrfD  49.52 
 
 		 313 aa  268  8e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0183  polysulphide reductase, NrfD  48.72 
 
 		 313 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4151  polysulphide reductase NrfD  48.72 
 
 		 313 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0184  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  48.72 
 
 		 313 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  46.69 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  46.69 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3835  polysulphide reductase, NrfD  49.52 
 
 		 313 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  46.69 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  46.69 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  46.69 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  46.69 
 
 		 318 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  46.37 
 
 		 318 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3960  polysulphide reductase, NrfD  49.2 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.21 
 
 		 318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4625  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.21 
 
 		 318 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4623  cytochrome c nitrite reductase NrfD subunit  49.21 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.872874  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0315  polysulphide reductase, NrfD  48.4 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.52148  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3249  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.34 
 
 		 318 aa  264  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4674  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  49.21 
 
 		 318 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  46.06 
 
 		 318 aa  262  4e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3178  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  43.4 
 
 		 318 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1032  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  47.19 
 
 		 320 aa  245  6.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3158  polysulphide reductase, NrfD  50.8 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2904  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  51.45 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.554109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0798  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  44.89 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0606  polysulphide reductase, NrfD  42.27 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.865603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0509  polysulphide reductase, NrfD  40.58 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4045  polysulfide reductase, subunit C  40.63 
 
 		 313 aa  205  6e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2001  polysulphide reductase, NrfD  40.84 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.438759  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0267  Polysulphide reductase NrfD  41.01 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0128763  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0557  polysulphide reductase NrfD  41.4 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3779  polysulphide reductase, NrfD  41.08 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.245778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0533  polysulphide reductase NrfD  41.08 
 
 		 315 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4060  polysulfide reductase, subunit C  40.26 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3442  polysulphide reductase, NrfD  40.58 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3617  polysulphide reductase, NrfD  40.58 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0561  Polysulphide reductase NrfD  40.76 
 
 		 315 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3175  polysulfide reductase, subunit C  38.11 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0613  polysulphide reductase, NrfD  40.13 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3037  polysulphide reductase NrfD  38.98 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1367  Polysulphide reductase NrfD  40.44 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0271  Polysulphide reductase NrfD  37.19 
 
 		 322 aa  186  7e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1772  protein NrfD  36.76 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3997  polysulphide reductase NrfD  35.86 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0484  formate-dependent nitrite reductase, nrfD protein  36.18 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3537  polysulphide reductase, NrfD  35.86 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3872  polysulphide reductase NrfD  36.51 
 
 		 315 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0494  polysulphide reductase, NrfD  35.86 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0498  polysulphide reductase, NrfD  34.95 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0493  polysulphide reductase, NrfD  35.86 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1874  polysulphide reductase, NrfD  35.76 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0484  polysulphide reductase NrfD  34.91 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4472  polysulphide reductase NrfD  35.53 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0353  polysulphide reductase, NrfD  34.64 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1916  polysulphide reductase  35.91 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  34.85 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0487  polysulphide reductase, NrfD  33.98 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0508  polysulphide reductase NrfD  35.08 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4451  polysulphide reductase NrfD  35.5 
 
 		 315 aa  142  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0700  Polysulphide reductase NrfD  36.51 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000375278  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2917  Polysulphide reductase NrfD  30 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4106  polysulphide reductase NrfD  30.35 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354906  normal  0.247792 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0449  Polysulphide reductase NrfD  32.17 
 
 		 288 aa  89.7  6e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0444  Polysulphide reductase NrfD  32.48 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.638298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3984  polysulphide reductase, NrfD  29.19 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  25.95 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1464  polysulphide reductase NrfD  30.12 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  27.08 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3359  Polysulphide reductase NrfD  29.82 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572761  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2318  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.21 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2044  polysulfide reductase, subunit C, putative  28.66 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.292161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2564  polysulphide reductase, NrfD  28.39 
 
 		 331 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564055  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3245  polysulphide reductase, NrfD  28.26 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832914 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0910  Polysulphide reductase NrfD  29.95 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.241015  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  34.17 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02110  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  28.52 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1337  Polysulphide reductase NrfD  26.89 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.794344  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1865  Polysulphide reductase NrfD  29.57 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0952  polysulfide reductase, subunit C, putative  27.18 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0933  Polysulphide reductase NrfD  26.32 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.702618  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1636  Polysulphide reductase NrfD  32.09 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.280095  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0309  Polysulphide reductase NrfD  27.12 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000856639  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1872  Polysulphide reductase NrfD  25.75 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0177217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1637  Polysulphide reductase NrfD  26.33 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000405044  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  30.23 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>