More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0607 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 348 aa  709    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  26.93 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  114  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  27.5 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 319 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 319 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 347 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.99 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 329 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 333 aa  95.1  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  30.87 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 		 351 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.52 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 319 aa  90.5  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  28.37 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.93 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  22.26 
 
 		 309 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 321 aa  86.3  7e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  26.9 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.06 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 791 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  40.59 
 
 		 791 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 791 aa  78.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.8 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.09 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.09 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.09 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.09 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 777 aa  75.9  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.09 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4963  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 810 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.559194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.66 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.74 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 368 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.38 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 314 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>